Ľudovít Jagelovský po sebe nezanechal žiadneho mužského potomka.
Habsburgovci neboli v českých krajinách úplne neznámi. Český kráľ Přemysl Otakar II. bol v bitke na Moravskom poli porazený a zabitý vojskom rímsko-nemeckého panovníka Rudolfa Habsburského. Českému kráľovstvu vládli v minulosti aj panovníci z habsburskej dynastie. Ich vláda však trvala veľmi krátko a tak nestihli zanechať výraznejší odkaz v českých dejinách.
Po smrti Ľudovíta Jagelovského si Habsburgovci nárokovali český trón na základe zmluvy uzavretej medzi dynastiami Jagelovcov a Habsburgovcov z roku 1515, ktorá sa týkala nástupníckeho práva Habsburgovcov na český trón v prípade smrti Ľudovíta Jagelovského.
České stavy po tragickej smrti Ľudovíta Jagelovského trvali na tom, že si chcú nového panovníka zvoliť sami. Chceli tým zdôrazniť svoju moc a nezávislosť aj keď Habsburgovci mali právo nastúpiť na český trón aj bez ich voľby, na základe zmluvy z roku 1515.
V minulosti si väčšinou česká šľachta volila svojho panovníka na sneme, ktorého následne ešte formálne potvrdil panovník Svätej ríše rímskej.
Je nutné poznamenať, že Jagelovci, ktorý vládli v českých krajinách pred nástupom Ferdinanda I. boli slabými panovníkmi (Vladislav a Ľudovít). České kráľovstvo bolo počas ich vlády oslabené a nedisponovalo veľkým množstvom peňazí.
Ferdinand I., ktorý bol korunovaný za českého kráľa v roku 1527 sa narodil v Španielsku. Istú časť svojho života prežil Nizozemsku. Bol vychovávaný v prísne katolíckom duchu, čo sa nemuselo páčiť českým stavom, ktoré v minulosti bojovali proti katolíckej viere v husitských vojnách.
Po smrti Ľudovíta Jagelovského sa Ferdinand nestal len českým, ale aj uhorským kráľom, keďže Ľudovít Jagelovský vládol okrem Českého kráľovstva aj tomu Uhorskému. V Uhorsku však bol Ferdinand korunovaný neskôr keďže musel roky o uhorskú kráľovskú korunu bojovať so svojím protikandidátom Jánom Zápoľským.
Ferdinand vládol aj v rakúskych krajinách, získaním českého a uhorského trónu a spojením všetkých týchto krajín vytvoril v strednej Európe základy tzv. podunajskej monarchie. Neskôr sa stal aj cisárom Svätej ríše rímskej národa nemeckého, v ktorej Habsburgovci vládli už dlhšie obdobie.
Predtým ako bol Ferdinand zvolený českou šľachtou za českého kráľa prisľúbil jej, že bude súhlasiť s prijímaním pod obojím spôsobom v Českom kráľovstve, teda že veriaci budú môcť prijímať telo a krv Ježiša Krista v podobe chleba a vína. Ďalej, že bude sídliť v Prahe a českej šľachte ponechá jej privilégia.
Väčšinu svojich sľubov voči českej šľachte však Ferdinand I. Habsburský nedodržal, dokonca zriadil tajnú políciu, ktorá sledovala jeho potencionálnych odporcov. Vládol teda skôr absolutisticky. Z Prahy neskôr vládol iný habsburský panovník, Rudolf II.
Ako kráľ musel Ferdinand I. čeliť aj hroziacemu tureckému nebezpečenstvu. Turci po bitke pri Moháči, v roku 1526 obsadili časť Uhorska a ocitli sa tak v blízkosti Českého kráľovstva.
Čo sa týka súkromného života, Ferdinand so svojou manželkou Annou Jagelovskou vychoval 15 detí a na počesť svojej manželky dal vybudovať letohrádok na Pražskom hrade.
Habsburgovci vládli českému ľudu až do roku 1918, teda 400 rokov, približne tak dlho ako Přemyslovci. Začiatkom ich vlády v strednej Európe, počiatkom 16. storočia v našej oblasti symbolicky začína stredovek.
