Za českého kráľa bol zvolený v roku 1617, ešte počas vlády Mateja II. Habsburského. V ten istý rok došlo aj k
Ferdinandovej korunovácii za českého kráľa.
Po smrti Mateja II. české protestantské stavy otvorene vystúpili proti Ferdinandovi. Z okna pražského hradu boli vyhodení kráľovskí miestodržitelia, ktorí však tento pád prežijú vďaka nahromadeným odpadkom a lístiu. Touto udalosťou sa v roku 1618 začína v Európe Tridsaťročná vojna medzi Katolíckou ligou a Protestantskou úniou, ktorá bude ukončená Vestfálskym mierom v roku 1648.
Členmi obidvoch zoskupení, teda Katolíckej ligy a Protestantskej únie boli jednotlivé nemecké kniežatstvá, ku ktorým sa neskôr pridali ďalšie európske štáty. Španielsko podporovalo Katolícku ligu a Švédsko, Francúzsko a Dánsko Protestantskú úniu. Niektoré štáty lavírovali a prechádzali na opačnú stranu kvôli vlastnému prospechu.
Skutočnou príčinou vojny bolo získanie vplyvu v Európe. Štáty Protestantskej únie bojovali proti nadvláde a rozširovaniu moci Habsburgovcov, ktorí vládli v strednej Európe ako aj v Španielsku. Príčinou teda nebolo náboženstvo. Francúzsko bolo katolíckou krajinou a aj napriek tomu bojovalo proti Habsburgovcom, ktorí boli tiež katolíkmi.
V tejto vojne bojovali profesionálni žoldnieri, ktorí dostavali pravidelný žold. Za sebou zanechávali spálené a zničené mestá a dediny. Počet obyvateĺov Európy sa znížil o tretinu.
V roku 1619 je Ferdinand II. zosadený z českého trónu kvôli tomu, že nedodržiava nariadenia Rudolfovho majestátu týkajúce sa náboženskej slobody pre protestantov. Na jeho miesto je zvolený Fridrich II. Falcký. Fridrich získal prezývku zimný kráľ, keďže Českému kráľovstvu vládol len počas jednej zimy.
Ferdinand II. zhromaždil vojsko a vytiahol s armádou 25-tisíc vojakov na Prahu. Fridrichovi nepomohol ani anglický kráľ, s ktorého dcérou sa oženil.
V bitke na Bielej hore, v roku 1620 bolo vojsko českých stavov porazené aj vďaka vojenským schopnostiam Albrechta z Valdštejna, ktorého dal neskôr Ferdinand II. zavraždiť. Fridrich II. Falcký utiekol z Českého kráľovstva a v kráľovstve začína opäť vládnuť Ferdinand II.
Ferdinand II. dal v roku 1621, na Starometskom námestí v Prahe popraviť 27 vodcov stavovského povstania, medzi nimi aj Jána Jesenia, ktorú vykonal prvú verejnú pitvu človeka v Českom kráľovstve. Katom, ktorý vykonal popravu 27 odsúdených bol Ján Mydlár.
Po bitke na Bielej hore, Ferdinand posilnil svoju moc, zakázal vyznávanie protestantskej viery a protestantom zabavil ich majetok. Z krajiny utečú desaťtisíce ľudí, medzi ktorými bol aj Ján Ámos Komenský. Niektoré pramene udávajú, že České kráľovstvo opustí až 150 tisíc obyvateľov.
Ferdinand II. sa už nedožil konca tridsaťročnej vojny, ktorá sa začala na začiatku jeho vlády v Českom kráľovstve, keď českí páni zhodili z okna pražského hradu kráľových miestodržiteľov (pražská defenestrácia), v roku 1618
Ferdinand II, český kráľ, cisár Svätej ríše rímskej národa nemeckého, uhorský kráľ a rakúsky miestodržiteľ zomrel v roku 1637 vo Viedni a v českých dejinách je doba jeho vlády ako aj následky bitky na Bielej hore označované temnou dobou.
