Je tak trocha v tieni svojho otca Ferdinanda I. a takisto nie je tak známy ako jeho syn Rudolf II. Maximilián vládol v Českom kráľovstve oveľa kratšiu dobu v porovnaní s Ferdinandom I. a Rudolfom II. Za českého kráľa bol Maximilián korunovaný v roku 1562, pričom zomrel v roku 1576.
Maximilián ovládal 5 jazykov, medzi nimi napríklad aj maďarský.
Maximilián bol priaznivcom protestantizmu aj keď Habsburgovci boli vyznávačmi katolíckej viery. Bol teda tak trochu čiernou ovcou v Habsburskej rodine. Maximilián chcel, aby všetky náboženstvá boli k sebe tolerantné a aby v krajinách spravovaných Habsburgovcami nedochádzalo k náboženským vojnám, ktoré v 15. storočí rozvrátili České kráľovstvo.
Otec Maximiliána I., Ferdinand I. samozrejme nebol spokojný s tým, že jeho syn nie je horlivým stúpencom katolíckej viery. Preto bol Maximilián poslaný do Španielska, kde ho mali v tomto ohľade “prevychovať“. Maximilián si musel vziať za manželku bigotnú španielsku katolíčku Máriu Španielsku, ktorá bola jeho sesternicou a ktorú predtým nikdy nevidel.
Maximilián I. Habsburský sa vyhýbal vojenským konfliktom, ale keďže bol aj uhorským kráľom, nemohol ignorovať skutočnosť, že na území Uhorska boli prítomné turecké vojská, ktoré chceli dobývať aj ďalšie územia. Maximilián preto zhromaždil 100 tisícovú armádu, s ktorou vtrhol v roku 1566 na územie dnešného Maďarska, kde cisárska armáda obliehala mesto Ráb (dnešný Gyor). Výprava skončila neúspechom a po uzavretí prímeria musel Maximilián tureckému sultánovi každoročne posielať poplatok, vo výške 30 000 dukátov.
Maximilián vládol okrem Českého kráľovstva a Uhorska aj v rakúskych krajinách a od roku 1562 sa stal aj cisárom Svätej ríše rímskej národa nemeckého.
Aby Maximilián zabezpečil českú kráľovskú korunu aj pre svojho syna Rudolfa musel súhlasiť s dokumentom českých stavov, ktorý mal názov Česká konfesia. Česká konfesia mala odstrániť rozpory medzi jednotlivými protestantskými smermi v Českom kráľovstve. Maximilián II. Habsburský s ňou súhlasil, ale nepodpísal ju. K tomu došlo až za vlády jeho syna Rudolfa II. Maximilián mal okrem syna Rudolfa ďalších 15 detí.
Maximilián II. bol tolerantný nielen voči rôznym kresťanským frakciám ale aj voči Židom. Udelil im väčšie právomoci v obchodovaní a prisľúbil im, že nebudú nikdy vyhnaní z Českého kráľovstva.
Ani Maximilián rovnako ako jeho otec Ferdinand I. nesídlil v Prahe, ale jeho telo je pochované na Pražskom hrade vedľa svojich rodičov Ferdinanda I. Habsburského a Anny Jagelovskej. Pred svojou smrťou sa Maximilián II. nevyspovedal a ani neprijal posledné pomazanie, čo je netypické pre veriaceho katolíka.
