Česká šľachta akceptovala jeho voľbu za českého kráľa ešte za vlády jeho otca Maximiliána II. s podmienkou, že Maximilián II. zaručí slobodu náboženského vierovyznania aj pre protestantov. Českou šľachtou vypracovaný dokument, tzv. Protestantská konfesia, Maximilián II. potvrdil, ale len ústne.
Rudolf II. sa narodil vo Viedni. Niekoľko rokov, podobne ako jeho otec Maximilián strávil v Španielsku. Od budúceho habsburského panovníka sa totiž očakávalo, že bude vo svojej katolíckej viere neoblomný. Rudolfov otec sympatizoval s protestantizmom a preto Rudolfova matka, oddaná katolíčka Mária Španielská spolu so svojím bratom, španielskym kráľom Filipom II. presadila, aby Rudolf strávil niekoľko rokov na španielskom kráľovskom dvore, kde mal byť vychovávaný v katolíckom duchu.
Po návrate do Viedne, do mesta, v ktorom sa aj narodil bol Rudolf svojím otcom Maximiliánom pripravovaný na prevzatie vlády v Českom a Uhorskom kráľovstve, v rakúskych krajinách a vo Svätej ríši rímskej.
Rudolf II. bol najskôr korunovaný za uhorského kráľa a v roku 1575 aj za českého kráľa. Cisárom Svätej ríše rímskej sa stal v tom istom roku.
Rudolf sa po dlhom zvažovaní nakoniec rozhodol, že si za svoje sídlo vyberie Prahu. Praha sa teda stala po druhýkrát vo svojej histórii hlavným mestom Svätej ríše rímskej národa nemeckého, keďže Rudolf II. bol aj nemeckým cisárom.
Naposledy bola Praha hlavným mesto Svätej rímskej ríše v 14. storočí ešte za vlády kráľa Karola IV. Trvalo približne dve storočia než bola Praha znovu povýšená na jedno z najvýznamnejších miest Európy. Do Svätej ríše rímskej v období panovania Rudolfa II. patrilo územie dnešného Nemecka, Francúzska, Poľska, Česka, Rakúska, Talianska, Holandska, Švajčiarska a Belgicka.
V období vlády Karla IV. bolo v Prahe vybudované Nové mesto Pražské a Rudolf II. dal takisto počas svojej vlády v Prahe postaviť množstvo nových stavieb. Na Pražskom hrade vybudoval dnešný Španielsky sál a koniareň.
Praha sa však na druhej strane stala aj menej bezpečným mestom pre jej obyvateľov ako aj pre ľudí, ktoré v nej dočasne prebývali. Prudký nárast obyvateľstva Prahy spôsobený príchodom ľudí z ostatných kútov Českého kráľovstva ako aj z cudziny spôsobil nárast kriminality v pražských uliciach.
Rudolf II. musel splniť sľub, ktorý dal českej šľachte ešte jeho otec Maximilián a po dlhých rokoch, na sklonku svoje vlády vydal tzv. Rudolfov majestát (1609), ktorým potvrdil náboženskú slobodu v českých krajinách aj pre protestantov.
Iná situácia vládla v Uhorskom kráľovstve. Správou Uhorska poveril Rudolf svojho brata Mateja, ktorý v Uhorsku viedol boj s Turkmi. Na začiatku 17. storočia vypuklo v Uhorsku prvé protihabsburské povstanie ako reakcia na prítomnosť habsburského vojska v Uhorsku. Náklady na pobyt habsburského vojska v Uhorskom kráľovstve museli byť hradené prostredníctvom zvýšenia daní, s čím miestna, uhorská šľachta nesúhlasila.
Rudolf II. nebol ženatý. Nebránil sa však milostným dobrodružstvám s inými ženami a pravdepodobne bol nakazený pohlavnou chorobou, syfilisom. Jeho otec Maximilián sa rovnako nevyhol milostným dobrodružstvám. Promiskuitné správanie Rudolfa a jeho otca Maximiliána bolo v protiklade s cnostným životom Ferdinanda I. Habsburského, deda Rudolfa II.
Rudolf II. pravdepodobne trpel aj nejakým druhom psychickej choroby. V písomných prameňoch sú zaznamenané svedectvá ľudí z okolia kráľa, ktoré vypovedajú, že sa jednalo o náladového a prchkého panovníka, ktorý často menil svoje správanie a v posledných rokoch svojho života sa stal nevypočitateľným a nebezpečným aj pre svojich najbližších.
Kráľ Rudolf bol známy svojím kladným postojom k umeniu a k vzdelaniu. Na svoj kráľovský dvor pozval významných astronómov akými boli napríklad Tycho Brache a Johannes Kepler.
V roku 1600 sa v Prahe uskutočnila prvá verejná pitva človeka, ktorú vykonal Ján Jessenius.
Rudolf II. zhromaždil aj množstvo vzácnych obrazov a iných umeleckých diel.
Na sklonku života už Rudolf II spravoval len Čechy, Sliezsko, Hornú a Dolnú Lužicu. Jeho nástupcom sa stal jeho brat Matej. Rudolf II. zomrel v roku 1612 a je pochovaný na Pražskom hrade.
Dnes sa jeho vláda v českom prostredí hodnotí veľmi pozitívne, za čo môže aj jeho zromantizovanie v 19. storočí v časoch českého národného obrodenia. Po jeho smrti zachváti Európu a České kráľovstvo nepokojná a búrlivá doba.
Na Staromestskom námestí v Prahe bolo v roku 1621 popravených 27 mešťanov, v roku 1648 vypukla 30. ročná vojna a v Uhorsku až do roku 1711 prebiehali protihabsburské povstania, ktoré spôsobili rozklad a spustošenie Uhorského kráľovstva. Všetky spomínané udalosti nastali až po smrti Rudolfa II. a aj preto sa jeho doba v neskoršom období označuje ako zlatý vek.
