Flaubertovi „spôsobovala“ Pani Bovaryová nepríjemnosti už od svojho vydania v roku 1856. Hoci tvrdil, že je to kniha, ktorá učí morálke, tak francúzske autority mali na to iný názor a postavili ho pred súd za podnecovanie útokov voči „morálke a viere“. Flaubertov román nebol, v očiach časti spoločnosti, jedinou podobne potenciálne škodlivou publikáciou a počas tridsiatich rokov sa muselo pred súdom podobne obhajovať viac než päťdesiat autorov. V prípade Flauberta súd riešil to, aký má kniha vplyv na čitateľky.
Kým odporcovia Pani Bovaryovej tvrdili, že obzvlášť mladé dievčatá môže kniha po morálnej stránke skaziť, tak podporovatelia románu tvrdili, že im, práve naopak, môže len pomôcť v tom, že ich vychová. Napokon, po krátkom procese, bola Flaubertova kniha označená za „viac literatúru než obscénnosť“. Bolo to však tak trochu Pyrrhovo víťazstvo, keďže niektoré z neskorších vydaní románu obsahovali dodatok o spomínanom súdnom spore, čo malo čitateľa upozorniť na možnú kontroverznosť textu.
Súdny spor Flaubertovmu románu napokon paradoxne pomohol a jeho kniha sa po autorom očistení stala takmer okamžite bestsellerom. Zároveň však jeho výpovedná hodnota natoľko vystrašila konzervatívnych Angličanov, že tí ešte v tom istom roku prijali zákon, prostredníctvom ktorého chceli zakázať publikovanie podobne „obscénnych a pornografických“ textov. Flaubertov román sa na dlhé roky nálepky kontroverznej knihy nezbavil a hlavný útok naň sa ešte len chystal.
20. júna 1864 Vatikán vydal aktualizovaný zoznam zakázaných kníh, ktorý je dnes známy pod označením Index Librorum Prohibitorum. Na ňom po novom pribudla i Flaubertova Pani Bovaryová alebo Hugovi Bedári. Román sa tak zaradil bok po boku viac než k 4.000 titulom, ktoré boli počas približne troch storočí označené za škodlivé pre dušu človeka. V prípade Pani Bovaryovej predstaviteľom cirkevnej „komisie“, ak to tak zjednodušene nazveme, vadilo „otvorené zobrazovanie nemorálneho správania“.
Trvalo ďalších 47 rokov, kým sa Pani Bovaryová opätovne smela začať čítať. Až v roku 1907 pápež Piux X. rozhodol o tom, že vybrané texty od Kanta, Voltaira, Diderota, ale aj Flauberta už nebudú na zozname zakázanej literatúry. V prípade Flaubertovho románu získala kniha status akejsi autorizovanej príručky pre výchovu modernej mladej ženy. Paradoxné na celom vatikánskom zozname bolo to, že veľa autorov, ktorí sa na ňom nachádzali, vrátane Flauberta, pochádzali z kresťanských pomerov.
Kým v niektorých oblastiach bol Index Librorum Prohibitorum veľmi prísne dodržiavaný a postihnuté knihy boli prakticky nezohnatelné, inde poskytol zoznam v duchu hesla „zakázané ovocie najlepšie chutí“ dobrú inšpiráciu pre to, čo čítať. O tom, že Flaubertova Pani Bovaryová budí určité vášne až „dodnes“ svedčí i skutočnosť, že ešte v roku 1954 sa nachádzala na čiernej listine americkej organizácie bojujúcej za mravnú literatúru.
