Po likvidácií kláštorov v r. 1950 aj Hnilicu internovali v tábore. Päť dní po prepustení, 29.9.1950, bol tajne vysvätený za kňaza. Ako 29-ročný, bol 2.1.1951 v Rožňave tajne vysvätený za biskupa Mons. R. Pobožným (v apoštolskej postupnosti jeho svätenia je piaty v poradí Eugénio Pacelli, pápež Pius XII., ktorý bol vysvätený za biskupa v deň prvého fatimského zjavenia 13.5.1917). 24.8.1951 biskup Hnilica vysvätil za biskupa aj 27-ročného Jána Ch. Korca.
Vo vtedajšej mimoriadnej situácii prenasledovania Cirkvi sa o. Hnilica stal najmladším biskupom sveta. Keď bol na neho vydaný zatykač, 3.12.1951 ušiel do zahraničia cez rieku Moravu. Po štúdiu v Nemecku prišiel do Ríma v septembri 1952. Verejné vyhlásenie jeho biskupskej hodnosti vykonal Pavol VI. tiež v deň fatimského výročia - 13.5.1964.
Biskup Hnilica pomáhal Slovákom a cirkvi po celom svete. Uzko spolupracoval s matkou Terezou, aj s Chiarou Lubichovou, prezidentkou Fokolárov. V roku 1967 navštívil Fatimu, k posolstvu týchto zjavení najmä ohľadom obrátenia Ruska sa neustále vracal. Po atentáte na pápeža Jána Pavla II., v deň 64. výročia Fatimy, 13.5.1981, keď pápež zázračne prežil, predvolal si biskupa Hnilicu, ktorý ho podrobne oboznámil s fatimským posolstvom. Jezuita Hnilica bol aj zakladateľom rehole „Spoločenstvo Rodiny Panny Márie“, ktorá má najviac povolaní zo Slovenska.
Po novembri 1989 sa vrátil na Slovensko. Jeho oneskorené primície sa uskutočnili v Bzovíku, kde pred veľkým počtom veriacich predniesol mimoriadne zaujímavú kázeň.
Zúčastnil som sa aj na jeho veľkolepom pohrebe dňa 8.10.2006 v Katedrále sv. Jána Krstiteľa v Trnave. 15.11.2006 som o ňom v televíznej relácii STV 2 „Sféry dôverné“ povedal toto:
„Biskupa Hnilicu som roky poznal ako láskavého, obetavého, štedrého a odvážneho Božieho muža. Mal charizmu počúvať ľudí, jeho aktivity boli všestranné, podporoval cirkevné a charitatívne projekty u nás a vo svete. V Ríme sme sa neraz stretli: na ambasáde, na cirkevných slávnostiach najmä vo Vatikáne, aj v Slovenskom ústave sv. Cyrila a Metoda. Vždy sa zaujímal o Slovensko a o prácu veľvyslanectva.
Stal sa znalcom fatimských zjavení, aj pápeži ho kvôli tomu oslovovali. V jeho okolí bolo cítiť mystiku fatimského posolstva - programu záchrany sveta cestou pokánia a obety za hriešnikov. Zasvätenie Ruska Nepoškvrnenému srdcu Panny Márie vykonal biskup Hnilica počas omše, ktorú tajne slúžil 25.3.1984 v bývalom chráme Usnutia Matky Božej v moskovskom Kremli. V ten deň, bez výslovného menovania Ruska, to urobil aj Ján Pavol II. na námestí sv. Petra v Ríme, za účasti biskupov z celého sveta. Pre jeho úsilie za obrátenie Ruska, ktoré Matka Božia spomenula vo Fatime 22-krát, ho nenávideli komunisti u nás, v ZSSR, aj v Taliansku. Neuznanie a krivdy však zažil aj od svojich. Niektorí ho podceňovali a považovali za naivného a neopatrného. Slovensko o ňom viac začalo hovoriť až po jeho smrti.
Jeho život to bola modlitba a práca. Až do smrti bol plný plánov a aktivít. Ako Don Bosco, zodral sa v práci v prospech lepšieho sveta. Som presvedčený, že jeho život by mal byť ocenený otvorením beatifikačného procesu, čo je v rukách slovenskej Cirkvi.“
