Jaskyňa Denisova je vytvorená v skalnom brehu rieky Anuji zhruba 6 km severne od dediny Čornyj Anuj. Vstupný priestor jaskyne má rozmery 9x11 m, z neho pokračujú tri krátke chodby. Jaskyňa Denisova bola miestnym obyvateľom známa dávno. Miestni obyvatelia nazývali jaskyňu Aju Taš (medvedí kameň) a považovali ju za sídlo zlého šamana. Podľa legendy sa menil na čierneho medveďa a pôsobil zle obyvateľom kraja až kým nad ním nezvíťazil biely šaman a nezaklial ho do podoby kameňa. Ruský názov dostala jaskyňa podľa pustovníka staroruskej cirkvi, ktorý v jaskyni žil v druhej polovici 18. storočia.

Archeologický a paleontologický výskum jaskyne zahájil v roku 1977 Nikolaj Ovodov, systematický výskum vedie Ústav archeológie a etnografie z Nobosibirska od roku 1982. Počas vykopávok bolo v jaskyni odkrytých cez 20 kultúrnych vrstiev, najspodnejšie patria kultúram mousteriénu a levalloisu. Najstaršia zaznamenaná vrstva odpovedá obdobiu pred 282 tisíc rokmi, kedy v jaskyni žili neandertálci. V jaskyni bolo vykopaných cez 50 tisíc artefaktov, ľudských a zvieracích kostí.
Aj keď výskum v jaskyni pokračuje, jaskyňa je sprístupnená pre turistov ako archeologický pamätník.

Najnovšie jaskyňu Denisova preslávil kúsok kosti, ktorý bol v jaskyni objavený v roku 2008. Pod vedením Svanta Pääbeho z Oddelenia genetiky Ústavu Max Plancka pre evolučnú antropológiu v Lipsku bola urobená DNA analýza pozostatku článku prstu, o ktorom sa vedci pôvodne domnievali, že patril neandertálskej dievčine pomenovanej Žena X. Výsledky výskumu boli publikované 24. marca 2010 v časopise Nature.
Analýzy DNA z mitochondrií ukázali, že ide zrejme o celkom nový poddruh človeka, ktorý žil na Altaji paralelne s doteraz známymi predchodcami moderného človeka a neandertálcami v období pred 30-50 tisíci rokmi. Sekvencie génov Ženy X boli porovnané s 54 vzorkami súčasných ľudí, vzorkou predchodcu moderného človeka z neskorého pleistócenu, ktorý žil na území Ruska, so šiestimi kompletnými vzorkami neandertálskej mitochondrálnej DNA a so vzorkami jednoho šimpanza učenlivého a jedného šimpanza bonono. DNA Ženy X sa odlišuje od DNA moderných ľudí dva razy viacej, ako sa od seba odlišujú DNA neandertálcov a moderných ľudí.
To ale neznamená, že Žena X bola na nižšom stupni vývoja, ako neandertálci. Všetky tri poddruhy žili v oblasti južnej Sibíri paralelne. V rovnakej vrstve, ako kosti nového poddruhu človeka, boli nájdené rôzne artefakty dosvedčujúce kultúrnosť obyvateľov jaskyne – mamutie kosti s ornamentami, mušle, pozostatky prevŕtaného kamenného náramku.

Prehistorický človek z Jaskyne Denisova zatiaľ nedostal vedecké meno, lebo vedci sa ešte na jeho klasifikácii neujednotili. Nálezov je veľmi málo a človek z jaskyne Denisova je prvý vývojový typ človeka, ktorý nebol identifikovaný na základe odlišností v stavbe a tvare kostí, ale výlučne na základe analýzy mitochondrálnej DNA. K tak závažnému vyjadreniu o novom druhu človeka potrebujú vedci ďalšie výskumy. Novinári zatiaľ špekulujú o možnom krížení týchto ľudí s neandertálcami alebo dokonca s predkami moderných ľudí. Každému chodí po rozume niečo iné.
Mapa okolia Jaskyne Denisova v pohorí Altaj
Fotografie prevzaté zo serveru www.altaitravel.ru a ru.wikipedia.org