Holé prežitie bol kritický problém prvých miliónov rokov ľudskej histórie. Vynájdenie prvých zbraní, drevených a kamenných nástrojov a ohňa, boli pravdepodobne náhodne, ale pragmaticky využité výsledky problémov holého prežitia. Neskôr prišla hlina, keramické madony, anorganické a organické pigmenty na skrášľovanie tiel a jaskýň - primitívne technológie premiesené s primitívnym výtvarným umením a raným náboženstvom v jednom ešte homogénnom amalgáme. Ak pominieme pochovávanie mŕtvych, na počiatku ľudskej kultúry boli materiálové technológie.
V priebehu helénskeho obdobia bolo v staroveku objavených viac ako pol tucta kovových a pár nekovových materiálov. Staroveký Egypťania poznali zlato, striebro, meď a železo (tieto štyri prvky spomína aj Starý zákon). Z nekovových prvkov boli dávno známe síra a uhlík. Diamant, najtvrdšia a najdrahocennejšia forma uhlíka, sa tiež vyskytuje už v Starom zákone, ale i v hinduistických Védách. Ako vždy a všade aj v staroveku bola najdôležitejšia výroba zbraní. Bronz, zliatina medi a cínu, bol známy od 3 tisícročia pred n. l. Železo a liatina, zliatina železa a uhlíka nastúpili zhruba o dvetisíc rokov neskôr. Dávno známym starovekým kovom bola aj toxická a tekutá ortuť. Gréci, a hlavne Rimania používali na rôzne účely aj jed s menom arzén, no v skutočnosti to bola iba zlúčenina sulfid arzenitý.
Napriek relatívne širokým vedomostiam z materiálovej chémie, ktoré sa objavili už v staroveku, sa predstava a pojem chemického prvku, ako základného materiálového elementu, nezrodila v mysliach starovekých praktických chemikov a metalurgov, ale v hlavách filozofov. Pre mnohých to môže byť prekvapením, ale západná filozofická tradícia nezačína ani teológiou, nezaoberá sa ani etickými ani politickými otázkami, ale na jej počiatku sú veľmi odvážne, racionálne špekulácie o materiálnej povahe sveta. Čo je to hmota, matéria z ktorej pozostáva celý Svet? Je táto matéria zložená z jednej substancie, tak ako si to predstavoval Táles a iní predsokratovskí grécki filozofi už pred 2500 rokmi, alebo pozostáva z viacerých neredukovateľných substancií ako to navrhoval Empedokles? V gréckej, maloázijskej kolónii Íonia, vznikli v šiestom storočí pred Kristom, prvé racionálne, teoretické pokusy a koncepcie, zbavené akejkoľvek mytológie, snažiace sa o prírodovedné vysvetlenie povahy fyzikálnej reality. Všetky sú založené na spoločnom presvedčení, že Kozmos (tento pojem pre materiálnu totalitu všetkého, pravdepodobne prvý zaviedol Pytagoras) sa dá vysvetliť racionálne, bez odkazu na mýtus a skladá sa z jednotnej primárnej matérie, alebo praprincípu.
Najdôležitejším z iónskych filozofov bol Táles z Milétu. Dejiny západnej filozofie, a vlastne aj dejiny vedy, začínajú týmto mužom (chémia mu môže byť vďačná aj za pojem elektrón). Jeho teória, že svet sa vyvinul z jedného elementu a to vody, bola len nevinným začiatkom. Idea, že za rozmanitosťou tohto sveta sa skrýva jednota, sa ukázala v dejinách myslenia ako mimoriadne plodná (aj slávna TOE, Theory of Everything, jednotná, zatiaľ nedostihnuteľná teória všetkých fyzikálnych interakcií, je jej najviditeľnejší potomok). Jeden z jeho žiakov, Anaximenes, preferoval namiesto vody vzduch. Svet bol podľa neho obklopený vzduchom, ktorý sa smerom k stredu stlačoval. Toto stlačovanie spôsobilo, že sa zmenil na vodu; keď bola voda ešte viac stlačená menila sa na zem; pri ešte väčšom stlačení sa potom zem menila na kameň. Všetko bol vzduch vo viac, alebo menej kondenzovanom stave. Bol to prvý pokus o vysvetlenie kvalitatívnych rozdielov materiálneho sveta v pojmoch kvantitatívnej diferencie. Takáto snaha je podstatou aj súčasnej modernej chémie.
Antipódom racionálnej íonskej školy bola škola Pytagorová. Pytagorov žiak, Empedokles zo Sicílie, prišiel prvý s relativizmom zaváňajúcou a tak trochu postmodernou myšlienkou, že základom všetkého nemusí byť jednota, jeden princíp či element, ale pluralita. Podľa neho sa svet skladá zo štyroch základných elementov a všetky veci sú len produktom ich rôznych kombinácií. Práve tu cítiť nejasné počiatky skutočnej chémie, aj keď jeho elementy nie sú ani zďaleka ešte chemické prvky. Empedokles aj ako prvý v staroveku anticipoval myšlienku biologickej evolúcie. Podľa neho, vývoj živých bytostí prebiehal od nižších k vyšším, od rastlín k živočíchom a nakoniec k ľuďom.
Pytagorová škola síce vznikla z orfického kultu, ktorý spočíval v uctievaní Dionýza a bolo v nej veľa ťažko zrozumiteľnej mystiky, no na jej pôde došlo k pozoruhodnému spojeniu mystiky a matematiky, ktoré má od tej doby veľký vplyv na ľudské myslenie. Doteraz je premnohých matematika tak trochu mystika. Pytagorejci prvý rozpoznali neuveriteľnú vysvetľovaciu silu matematickej formulácie a skratky, bez ktorej by moderná veda neexistovala.
Najoriginálnejšou ideou ktorá sa v starovekom grécku objavila, je ale z pohľadu chémie, myšlienka nedeliteľného atómu (átomos - nedeliteľný). Aj keď je najviac idea atómu spájaná s Demokritom, hlbokú otázku či je hmota spojitá, alebo nespojitá, či je možné materiálne veci deliť donekonečna, alebo delenie končí v bode, ktorý je už nedeliteľný, si prvý krát položil Leukippos. Otázka je síce dodnes otvorená, no teória atómov dnes takmer až marketingovo evokuje modernú empirickú vedu. Obaja muži iste netušili aký praktický a teoretický význam raz „ich atómy" budú mať. Najzábavnejšie je na celom to, že táto progresívna myšlienka, vznikla ako produkt čírej filozofickej špekulácie, bez akéhokoľvek empirického kontextu.
Všetko na svete podľa Demokrita vzniká spájaním atómov, a akýkoľvek zánik je len ich rozlučovanie. Atómy v tomto systéme nezanikajú, sú večné, a nemenné, vytvorené z rovnakej látky a líšia sa len veľkosťou. Dokonca aj duša človeka sa podľa Demokrita skladala z atómov. Tento systém je materializmus in natura, skonštruovaný s jedinečnou dôslednosťou a jeho vplyv siaha v neprerušenej línii až po súčasný vedecky obraz sveta.
Rovnako zaujímavý ako pôvod chémie, je aj história pojmu chémia. Termín chémeia (čo by mohol byť základ pre dnešný pojem chémia) sa objavuje v starovekých egyptských hieroglyfoch v súvislosti s pochovávaním a balzamovaním mŕtvych. Dokonca v starozákonných apokryfoch sa uvádza, že starú náuku chémeiu predali niekoľkým ženám padlí anjeli (teda podľa Biblie, na počiatku chémie boli ženy a padlí anjeli). Podľa rímskeho historika Plínia, sa samotný Egypt pôvodne volal Keme, čo vraj znamená čerň, podľa čiernej zeme nílskej delty. Pochovávanie mŕtvych, záhrobie, mystika, náboženstvo, spojené s technológiami balzamovania a umením konzervovania a ilúzia nesmrteľnosti, to je nielen počiatok pojmu chémeia, ale pravdepodobne aj chémie ako „remesla" a kolektívneho prívlastku pre úzku skupinu špecialistov. No rovnako aj mysteriózna a temne nezrozumiteľná báza pre vznik a rozkvet alchýmie, nevlastnej sestry chémie. Alegórie, symboly a metafory, od hrabivosti k medicíne, ba až ku „spáse" a pretože napriek všetkému to bol vždy len ľudský podnik, vždy sa vrátil tam kde začal: teda k zlatu.
Málo známym faktom na alchýmii je to, že nie je len súčasťou západnej histórie, ale že ju možno považovať za súčasť univerzálnej kultúrnej evolúcie ľudstva. Okrem nášho Západu sa pravdepodobne nezávisle a s podobnými mystickými a „zlatými" rysmi objavila rovnako v Číne, Južnej a Strednej Amerike i v Indii. Základom západnej Alexandrijskej alchýmie bola snaha o transmutáciu kovov prostredníctvom kameňa mudrcov na ušľachtilé zlato a predlžovanie života a snahy o dlhovekosť prostredníctvom elixíru života. Súčasťou druhej línie bola aj snaha o stvorenie nového života (homunkulus) a živých bytostí (krásna Sirael zo slávnej komédie Císařův pekař a Pekařův císař). Podľa psychológa C. C. Junga a religionistu M. Eliadeho, alchymistické symboly môžu mať hlbšie, univerzálnejšie pozadie, pretože korešpondujú s archetypmi hlbinnej psychológie a neolitickej religiozity.
Od modernej vedy sa ale alchýmia líšila chýbajúcou kritickou metódou a s tým súvisiacim ťažkopádnym dogmatizmom. Z dnešného pohľadu modernej chémie možno na stredovekú západnú alchýmiu hľadieť ako na zmes poprekrúcanej gréckej filozofie, egyptskej mágie, mystiky a okultizmu, ale aj solídnych laboratórnych a protochemických zručností, predovšetkým orientálnej, egyptskej, iránskej a hlavne arabskej proveniencie. Slová ako al - chímia (poarabštená grécka chemeia, al je arabský určitý člen), al - kohol, al - kália, elixír (al - iksír), ale aj al - gebra a al - goritmus, sú takmer notoricky známe ako slová arabského pôvodu. Niekoľko storočí bola chémia, ale aj iné vedy, hlavne matematika, pod bezvýhradným vplyvom Arabov.
Vplyv Avicenu, najväčšie arabského a asi vôbec moslimského vzdelanca všetkých dôb, sa spája s lekárstvom, farmáciou, filozofiou, fyzikou, arabskou politikou a alchýmiou. Jeho Pharmakopoeia predstavuje základ farmácie a bola niekoľko storočí najvplyvnejším lekárskym textom v Európe.
V čínskych a indických oblastiach prevládala hlavne druha, „medicínska" línia alchýmie. Túžba po zlate a bohatstve, aj kvôli hlbšej tradícii vertikálneho, kastového systému usporiadania spoločnosti, ale pravdepodobne aj kvôli špecifickým rysom starých čínskych a indických religióznych predstáv, nebola v týchto krajinách primárnou. Z Číny pochádza aj prvý po mene známi praktizujúci alchymista vôbec Cou Jen (asi 350-270 pr. Kr.). Druhým známym čínskym alchymistom bol Wej Po Jang (2.stol. pr. Kr.), ktorý je niekedy stotožňovaný aj s jedným z najvplyvnejších mužov čínskej histórie a zakladateľom taoizmu, Lao-c´.
Hoci alchýmia a okultné a mystické pojatie hmoty si v Európe v rôznej forme podržali pomaly miznúci vplyv až takmer do začiatku 19. storočia, jej ideový koniec môžeme datovať už rokom 1661, kedy vyšlo životné dielo stredne zámožného írskeho aristokrata Roberta Boyla, Skeptický chemik. Koniec to nebol len ideový, ale dôsledný, aj symbolický. Už samotný názov tejto knihy, viedol k tomu, že bol od slova alchýmia odstránený arabský člen al, a tak sa aj historické metamorfózy názvu pre chémiu zavŕšili v dnešnom, pravdepodobne už definitívnom tvare. Nová veda sa snažila spolu s arabským členom zbaviť aj svojej ezoterickej, orientálnej minulosti.
Boyle zaviedol, v protiklade k alchymistickému tajnostkárstvu, prax podrobne a jasne zapisovaných experimentov a nová chémia sa mohla vydať na cestu k univerzálnej vede, ktorú mohol praktikovať ktokoľvek vo svojom laboratóriu. Skeptický chemik rozložil alchymistickú teóriu 4 elementov a namiesto toho vyhlásil, že elementy sú základné častice, „pôvodné a jednoduché, ničím nezmiešané látky". Boyle skoncoval s teóriou 4 elementov, alchýmiou a mysticizmom okorenenou a prekrútenou Aristotelovou teóriou, ktorá základné elementy vnímala viac ako vysvetľujúci princíp, než matériu.
Aj keď Boyle vytvoril definíciu prvku, v skutočnosti nevedel čo to vlastne je. Podľa jeho definície je prvok substancia, ktorú nemožno rozložiť na ešte jednoduchšie substancie. No vždy tu bola možnosť, že sa tak raz v budúcnosti stane, a tak bol každý chemický prvok v jeho systéme principiálne dočasnej povahy. Prakticky až do 20 storočia, kedy sa začalo pracovať s pojmom atóm, nemala chémia k dispozícii jednoznačnú definíciu prvku.
Hoci sa z týchto riadkov javí Boyle ako terminálne štádium alchýmie a otec modernej chémie, a je to iste pravda, treba povedať, že rovnako veril a trvale po celý život, so sebe vlastnou dôkladnosťou, neúnavne pátral aj po kameni mudrcov. V podstate bol tento otec modernej chémie rovnako úprimným alchymistom. Aj jeho oveľa slávnejší súčasník Izák Newton bol vášnivý hľadač kameňa mudrcov.
Nemali by sme sa domnievať, že triumf experimentálnej vedy v posledných dvoch storočiach zničil sny a ideály alchymistov. Aj súčasná veda, ale hlavne na nej postavená technológia, vychádza z rovnakých emocionálnych koreňov - manipulácia hmoty a jej ovládanie v čo najväčšom rozsahu až po úroveň atómov, umelý život a umelá inteligencia, mýtus o nekonečnom raste a pokroku, kolonizácia vesmíru, vylepšovanie človeka, génové manipulácie, sociálny darwinizmus, eugenika, túžba po nesmrteľnosti - chiliastické ideológie opájajúce sa vedou a priemyslom, ovládali celé 19., ale aj 20. storočie a v rôznej miere inšpirujú až doteraz
