Šiluva sa prvýkrát stala známou v roku 1457, kedy šľachtic Peter S. Gedgaudas postavil kostol zasvätený narodeniu Panny Márie a svätých apoštolov Petra a Bartolomeja. Davy veriacich (aj zo susedného protestantského Pruska) sa zhromažďovali na tomto mieste, aby oslávili sviatok narodenia Panny Márie. V polovici 16. storočia sa obyvateľstvo v okolí Šiluvy stalo prevažne kalvínskym. Napriek tomu ľudia pokračovali v slávení každoročného sviatku, neskôr však bol kostol zatvorený a zničený. Okolo roku 1569 posledný farár John Holubka skryl všetky kostolné cennosti a dokumenty v železnej krabičke, ktorú ukryl v priestoroch zničeného kostola.
Katolíci sa následne pokúsili o súdne konanie proti kalvinistom a snažili sa znovu získať zhabaný majetok kostola. Prípad bol komplikovaný skutočnosťou, že katolícke vlastnícke dokumenty sa stratili. Táto záležitosť bola podľa tradície vyriešená zázračným zásahom Panny Márie, ktorá sa údajne zjavila na mieste, kde stál kostol. Tam sa našli inštitucionálne dokumenty katolíckej cirkvi a v roku 1622 bola uskutočnená reštitúcia katolíckeho majetku. Drevený kostol bol postavený v roku 1641 na mieste, kde stál pôvodný kostol. V roku 1786 bol dokončený nový kostol - súčasná Bazilika narodenia Panny Márie.
Bazilika narodenia Panny Márie je jedným z najkrajších príkladov neskorobarokovej architektúry v Litve. Interiér, navrhnutý talentovaným litovským umelcom Thomasom Podgaiskisom, sa zachoval bez výrazných zmien viac ako dve storočia. V roku 1976 pápež Pavol VI. povýšil kostol na Baziliku minor.
Obraz Panny Márie bol namaľovaný na začiatku 17. storočia podľa ikonografického štýlu byzantskej Hodegetrie. Vzor obrazu je ikona Santa Maria della Neve v rímskej bazilike Santa Maria Maggiore, korunovácia obrazu sa uskutočnila 8. septembra 1786. V rokoch 2002 - 2003 bol obraz Panny Márie zo Šiluvy dôkladne reštaurovaný.
V roku 1924 bola postavená majestátna vežová kaplnka na mieste údajného mariánskeho zjavenia. Budova s výškou 40 metrov bola navrhnutá architektom Anthonym Vivulskisom. Oltár v kaplnke zjavenia je postavený na tej istej skale, kde sa podľa tradície uskutočnilo mariánske zjavenie.
