Na kniežací stolec v Čechách nastúpil po krátkej vláde Konráda I.Brnenského.
Břetislav II. sa chcel obklopovať ľuďmi, ktorí by mu boli verní a oddaní a preto napríklad za biskupov dosadzoval cudzincov. Mohol im viac viac veriť, keďže v Českom kniežatstve takmer nikoho nepoznali a tým si zabezpečil ich lojálnosť.
Břetislav II. mal konflikty s Poľskom, ktoré prestalo platiť Českému kniežatstvu poplatky za územie Sliezska. Český panovník preto v roku 1093 vtrhol do Poľska, ktorého časť úplne vyplienil. Poľsko potom opäť začalo platiť Českému kniežatstvu dane. O Sliezsko súperili Česi a Poliaci ešte dlhé stáročia. V súčasnosti je územie Sliezska rozdelené medzi Českú a Poľskú republiku.
Počas vlády Břetislava II. sa udiala tragická udalosť, keď Židia v Prahe boli prenasledovaní a zabíjaní križiakmi. Križiacke vojsko, ktoré prechádzalo Českým kniežatstvom nútilo pražských Židov, aby sa dali pokrstiť. Tí, ktorí to odmietli boli zabití. Židia sa preto rozhodli kvôli svojej bezpečnosti opustiť Čechy. Břetislav II. ich však predbehol a ešte predtým než stihli opustiť hranice Českého kniežatstva ich obral o peniaze a majetok. Prvá križiacka výprava bola vyhlásená v roku 1095. Mnohí križiaci verili, že ak sa budú podieľať na oslobodení Ježišovho hrobu od Turkov tak im budú odpustené všetky ich pozemské hriechy. Veľa križiackych vojakov sa však chcelo iba obohatiť a nezdráhali sa pritom používať násilie.
Po smrti Břetislava II. nastal v krajine chaos. Trocha to pripomínalo situáciu, ktorá v kniežatstve panovala pred sto rokmi, na začiatku 11.storočia, keď o český trón bojovali bratia Boleslav III, Jaromír a Oldřich. Břetislav II. presadil za svojho nasledovníka Bořivoja II., aj keď zvykom v tej dobe bolo, že na český kniežací stolec mal nastúpiť najstarší žijúci Přemyslovec, ktorým Bořivoj II. nebol.
Bořivoj II. dostal České kniežatstvo v léno od panovníka Svätej ríše rímskej. Bol však prvým Přemyslovcom, ktorý dostal Čechy v léno aj keď nebol v Čechách legálne zvolený domácou šľachtou. Panovník Svätej ríše rímskej predtým potvrdzoval českého panovníka až potom, čo bol v Českom kniežatstve prebehla jeho voľba. V Čechách teda nastáva obdobie slabej vlády a častého striedania českých kniežat, ktoré bude ukončené až po tom, čo na trón nastúpi Soběslav I.
