Na sútoku Lipnického potoka a Dunajca v údolí sv. Antona stála podľa mienky historikov už v 11. storočí pustovňa. Terajší kláštor na tomto mieste založil magister Kokoš z Brezovice, ktorý podľa rozsudku zmierovacieho súdu z roku 1307 bol povinný za zabitie Fridricha z Hrhova založiť 6 kláštorov. V zmysle rozsudku v roku 1319 vyčlenil magister Kokoš 62 lánov zeme zo svojej skôr založenej obce Lechnica a daroval ich na tento účel kartuziánom zo Skaly útočišťa, terajšieho Kláštoriska v Slovenskom raji. Kartuziáni začali v roku 1320 s výstavbou kláštora. Kláštor už v 14.storočí dostal právo mlyna, rybolovu, varenia piva a iné výsady a dotácie. Hospodársky sa veľmi rýchlo vzmáhal a kupoval ďalšie majetky. V rokoch 1431 a 1433 ho dvakrát obsadili husiti, v roku 1545 ho prepadli vojská hradu Niedzica a neprospela mu ani doba bojov o uhorský trón po bitke pri Moháči. Kláštor pomaly upadal a mnísi sa odsťahovali do Poľska. V roku 1563 za reformácie kláštor zrušili.
Noví majitelia kláštorného panstva sa viackrát zmenili. V roku 1699 kláštor kúpil nitrianský biskup Ladislav Maťašovský, ktorý ho v testamente daroval benediktínskej reholi - kamaldulom. Kamalduli, podobne ako kartuziáni, patrili k najprísnejším pustovníckym reholiam. Obývali samostatné domčeky - cely v uzavretej časti kláštora. Platila pre nich zásada mlčanlivosti, nosili biely habit a striedmo sa stravovali. Zaoberali sa poľnohospodárstvom, zahradkárstvom, rybolovom a liečiteľstvom. Kamalduli kláštor vlastnili od roku 1711 do roku 1782, kedy ho museli opustiť v dôsledku zrušenia žobravých rádov panovníkom Jozefom II.
Kláštor začal pustnúť a jeho úpadok sa nezastavil ani po roku 1820, keď ho František I. daroval gréckokatolíckemu biskupstvu v Prešove. Dielo skazy dokonal zničujúci požiar v roku 1907. Komplexná rekonštrukcia kláštora začala v roku 1956, v roku 1966 v ňom bola otvorená expozícia Východoslovenského múzea v Košiciach, reštaurácia a ubytovňa. V rokoch 1967- 1984 som bol v múzeu niekoľkokrát, teraz som ho navštívil po 30 rokoch.
Areál Červeného kláštora bol v roku 1970 vyhlásený za národnú kultúrnu pamiatku. Dominantou kláštorného areálu je gotický jednoloďový Kostol svätého Antona Pustovníka s bočnými kaplnkami. Jeho stavbu začali po roku 1360. Pamätám si kostol spred 30 - 50 rokov, keď bolo vidieť len náznaky fresiek na stenách a bolo tam zopár popraskaných drevených sôch. Teraz, keď bola v roku 2007 ukončená prvá etapa náročných reštaurátorských prác, kostol sa zmenil na nepoznanie.
Kláštorná budova s krížovou chodbou bola pristavaná k severnej strane kostola po roku 1400. Muzeálna expozícia tu približuje históriu a kláštorný život mníchov, ako aj vzácne umelecko-historické pamiatky.
Počas kamaldulského obdobia (1711 - 1782) vzniklo v kláštore významné literárno-prekladateľské a jazykové centrum. Výraznou osobnosťou tohto centra bol archivár páter Romuald Hadvabný. Zostavil Slovník latinsko - slovenský so stručnou gramatikou v roku 1763, preložil do slovenčiny náboženské piesne a bol spoluautorom prekladu Písma svätého do západoslovenského jazyka z roku 1750.
Najznámejším a najvýznamnejším kamaldulským mníchom bol fráter Cyprián, vlastným menom Franz Ignatz Jäschke. Narodil sa v rodine krajčíra v roku 1724 v Sliezsku, študoval vo Wroclawe. Bol to všestranne vzdelaný muž, zaoberal sa medicínou, botanikou, farmáciou, alchýmiou, mechanikou a kozmológiou. Žil vo viacerých kláštoroch, aj v Taliansku, kde získal botanické a bylinkárske vedomosti. Do Červeného Kláštora prišiel ako 32-ročný skúsený liečiteľ - lekár, lekárnik a botanik. Tu žil nasledujúcich 19 rokov až do svojej smrti. Medzi exponátmi múzea je kópia známeho Cypriánovho herbára, originál je v múzeu TANAP-u v Tatranskej Lomnici. Pred desiatkami rokov, ak som mal správne informácie, originál herbára bol v Červenom Kláštore. Herbár obsahuje 283 originálov liečivých bylín. Pri každej z nich je napísaný názov po latinsky, nemecky, poľsky, grécky a slovensky.
Kamalduli zriadili na prvom poschodí konventu lekáreň, ktorej správcom bol celých 19 rokov chýrny ránhojič Cyprián. Kláštorná lekáreň sa stala známou v širokom okolí. Cyprián vedel výborne naprávať zlomeniny, púšťať žilou, liečil odvarmi z bylín, tinktúrami a čajmi. Teraz je expozícia lekárne v Cypriánovom domčeku.
V areáli kláštora za hrubými múrmi boli okrem kostola a pristavanej kláštornej budovy, domčeky pre priora a pre jednotivých mníchov s priľahkými záhradkami. Vzácna je Hodinová veža.
