Biblia nazýva Betlehem Dávidove mesto, lebo z neho pochádzal rod izraelského kráľa Dávida (panoval približne v rokoch 1010-970 pred Kristom). Avšak do ľudskej histórie sa mesto zapísalo predovšetkým ako miesto narodenia Ježiša Krista. Prvé tri storočia po Kristovi kresťania nemohli verejne praktizovať svoju vieru. Týkalo sa to aj návštevy a úcty svätých miest. Zmena nastala až v roku 313, keď cisár Konštantín udelil kresťanstvu slobodu kultu. Na naliehanie svojej matky Heleny nechal cisár Konštantín postaviť nad jaskyňou narodenia Ježiša Krista baziliku. Prvé svedectvo o tejto stavbe pochádza z pera anonýmneho pútnika z Bordeaux, ktorý v roku 333 po Kristovi píše: „Na mieste, kde sa narodil Ježiš Kristus, bola postavená bazilika na príkaz cisára Konštantína." Pútnička Etéria pri opise svojej púte po Palestíne (okolo roku 390) hovorí o bohatej výzdobe betlehemskej baziliky. Betlehem sa stal príbytkom pre sv. Hieronyma (347-420), ktorý neďaleko jaskyne Kristovho narodenia býval. Na tomto mieste vznikli jeho vzácne preklady Svätého Písma z hebrejčiny známe pod menom Vulgáta. Za panovania cisára Justiniána (483-565) bola bazilika prestavaná kvôli poškodeniam, ktoré utrpela počas vzbury Samaritánov. Bazilika unikla zničeniu počas nájazdu Peržanov v roku 614. Legenda hovorí, že Peržania ušetrili baziliku z toho dôvodu, že našli na jej stenách maľby mudrcov od východu, ktorí boli vyobrazení v typických perzských odevov. Príchod arabských dobyvateľov v roku 637 síce výrazným spôsobom znížil počet kresťanov, ale betlehemská bazilika Narodenia bola opäť ušetrená. Kalif Omar, ktorý v roku 638 dobyl aj Jeruzalem a pomenoval ho el-Quds (v preklade – svätý), bol tolerantný voči kresťanom a umožnil im modliť sa v bazilike. Aj jeho nástupcovia zachovali kresťanom vstup do batlehemskej baziliky. Až v roku 1009 nastúpil na trón kalif el-Hakim, ktorý tvrdo prenasledoval kresťanov. V roku 1099 sa Betlehema a baziliky zmocnili križiacké vojská pod vedením Godfreya de Bouillon (1058-1100). V rokoch 1165-69 bola prevedená rekonštrukcia baziliky. Boli vymenené poškodené časti podlahy, opravená strecha a opravená jaskyňa narodenia pod bazilikou. V roku 1187 však končí obdobie existencie križiackeho kráľovstva. Začiatkom 13. storočia prichádzajú do Palestíny prví rehoľníci – Františkáni. V roku 1347 získali Františkáni od sultána do užívania jaskyňu narodenia a baziliku. V roku 1517 Palestína padá pod vládu Otomanskej ríše. Obdobie nasledujúcich desaťročí a storočí je žial poznačené nešťastným zápasom o vlastníctvo svätého miesta medzi Františkánmi a Gréckou ortodoxnou cirkvou. V roku 1853 bola pod oltárom Narodenia Ježiša Krista umiestnená hviezda, ktorá nahradila inú- už časom opotrebovanú hviezdu s nápisom „Hic de Virgine Maria Jesus Christus natus est – Na tomto mieste sa narodil z Panny Márie Ježiš Kristus."V roku 1917 Betlehem a celá Palestína prechádza pod britskú správu. V rokoch 1948-67 Betlehem patril Jordánskemu kráľovstvu. Dnes je Betlehem v správe Palestínskej autonómie. V súčasnosti bazilika patrí trom cirkevným komunitám: Gréckej ortodoxnej cirkvi, Arménskej ortodoxnej cirkvi a Katolíckej cirkvi.
