1. Historické negatíva
Protireformačný tlak – Jezuiti boli hlavným nástrojom rekatolizácie v Uhorsku, vrátane Slovenska. To znamenalo tvrdý odpor voči protestantom, obmedzovanie náboženskej slobody a často aj vynucovanie konverzií.
Podpora Habsburskej moci – úzko spolupracovali s panovníkom, čím upevňovali centralizovanú moc a oslabovali miestne autonómie či národné ambície.
Cenzúra – kontrolovali školstvo a tlač, obmedzovali šírenie diel, ktoré neboli v súlade s katolíckou doktrínou.
Podiel na náboženských nepokojoch – ich misie niekedy prispeli k eskalácii konfliktov .
2. Kultúrno-spoločenské negatíva
Uniformita vzdelávania – aj keď jezuiti vybudovali kvalitný školský systém (napr. gymnáziá v Trnave, Košiciach), jeho obsah bol striktne teologicky kontrolovaný a málo otvorený vedeckým novinkám, ktoré neboli kompatibilné s katolíckym učením.
Podceňovanie miestnej kultúry – v snahe o latinskú a katolícku jednotu mohli potláčať miestne jazyky a ľudové tradície, uprednostňujúc latinu a univerzalistickú kultúru Cirkvi.
Elitárstvo – prístup k ich školám a vplyvu bol často obmedzený pre privilegované vrstvy, čo mohlo prehlbovať sociálne rozdiely.
3. Ideologické a vnútorné negatíva
Prísna poslušnosť – silná hierarchia a dôraz na absolútnu poslušnosť predstaveným, čo mohlo potláčať slobodné myslenie vo vnútri rádu.
Politická angažovanosť – niektorí jezuiti sa priamo zapájali do politických intríg, čo viedlo k ich vyhnaniu z viacerých krajín (v Európe aj v Latinskej Amerike).
