Roku 1524 zomreli dvaja Cortésovi najnebezpečnejší nepriatelia – Velázquez (jún) a Fonseca (október). Ešte istý čas po ich smrti sa však Cortés musel boriť s dôsledkami ich rivality.
Po dobytí centrálneho Mexika Cortés obrátil pozornosť na juh a západ. Roku 1523 vyslal Pedra de Alvarada dobyť Guatemalu. Cristóbal de Olid, niekdajší Velázquezov partizán, získal Cortésovo splnomocnenie dobyť Honduras. Najprv zamieril na Kubu po zásoby a regrútov. Tam ho krátko pred smrťou vyhľadal Velázquez. Presvedčil Olida, aby po dobytí Hondurasu uprednostnil svoje záujmy pred Cortésovými.
Hoci sa Olidovo rozhodnutie dalo predvídať, Cortésov hnev nepoznal hraníc. Nariadil zatknúť agitátora Olidovej vzbury.
Cortésovo zneužitie právomocí na vykonanie osobnej pomsty primälo Radu Indií zakročiť proti jeho svojvôli. Ponce de León bol do Nového Španielska vyslaný, aby ako nezávislý sudca (juez de residencia) z právneho hľadiska posúdil Cortésove aktivity.
Medzitým Cortés vyslal svojho švagra, Francisca de las Casas, vyjednávať s dobyvateľom Hondurasu. Ten ho dal bez meškania zatknúť.
Na to pre Cortésa existovalo len jedno riešenie – trestná výprava proti nelojálnemu kapitánovi. V súvislosti s odvracajúcim sa šťastím v ňom začali dozrievať myšlienky o márnosti ľudského snaženia proti vôli Prozreteľnosti.
Do Villa Rica de Vera Cruz sa vrátil po roku a pol vychudnutý a zúbožený. Neúspech ho vyliečil z výbojnosti, ktorou ho naplnilo čakanie na monarchovu priazeň. Využívajúc oslabenie jeho vôle byrokrati vyslaní dvorom v rastúcej miere nahlodávali jeho reálnu moc. Začiatok tohto procesu bol možno hlavným motívom Cortésovho ťaženia do Hondurasu.
Po jeho odchode sa opätovne zaktivizovala Velázquezova frakcia. Za vodcu si vybrala Gonzala de Salazar, aristokrata s veľkým podielom na správe Nového Španielska v čase Cortésovej neprítomnosti.
Druhý, Cortésov tábor sa zoskupil okolo jeho bratranca a majordóma (správcu rezidencie), Rodriga de Paz, ktorý v priebehu bojov o moc padol do zajatia a bol mučený a popravený.
V rozpore so všeobecným očakávaním sa Cortés z Hondurasu vrátil a znova ujal moci nad Novým Španielskom. Krviprelievania medzi conquistadormi však presvedčili Radu Indií o nutnosti utužiť kontrolu nad vývojom udalostí. Krátko po návrate Ponce de León priniesol Cortésovi správu o jeho zosadení z pozície guvernéra.
