Ortuť je vysoko jedovatý kov. Ide o neurotoxín, ktorého kumulácia sa v tele človeka prejavuje narušením vegetatívnej a centrálnej nervovej sústavy. Prítomnosť zvýšených hladín ortuti v tele býva často spojená napr. s bolesťami hlavy, nespavosťou, zhoršením vyjadrovacích schopností, stratou zraku alebo sluchu, anorexiou, depresiami, zhoršovaním pamäti, Alzheimerovou či Parkinsonovou chorobou, a pod. Výsledkom chronickej expozície ortuti býva tiež poškodenie enzymatických systémov, oslabenie imunity, bolesti ďasien či vypadávanie vlasov. V prípade požitia väčšieho množstva ortuti nastávajú kŕče, hnačky a bolesti brucha, dochádza k poškodeniu obličiek a pečene. Zvýšené hladiny ortuti v tele matky môžu byť nebezpečné pre vyvíjajúci sa plod a spôsobiť závažné mentálne poškodenie novorodenca.
Od 3. apríla 2009 je preto v krajinách Európskej únie zakázaný predaj ortuťových teplomerov. Smernica obsahujúca tento zákaz je súčasťou rozsiahlej stratégie EÚ proti používaniu ortuti a má za cieľ obmedziť dopyt po tejto vysoko toxickej látke. Podľa odhadov by mal tento zákaz prispieť k ročnému zníženiu množstva ortuti v odpade o 33 ton v rámci celej EÚ. Teplomery uvedené na trh pred týmto termínom sa môžu naďalej používať.
S ortuťovým teplomerom, ktorý užívateľ prestal používať a chce sa ho zbaviť, či už s poškodeným alebo s funkčným, je vzhľadom na jeho jedovatý a toxický obsah potrebné zaobchádzať ako s nebezpečným odpadom, t.j. je nevyhnutné odniesť ho do zberne odpadov, prípadne špecializovanej firme zaoberajúcej sa likvidáciou nebezpečných látok.