Predohrou týmto udalostiam bola bitka 21. a 22. mája pri Asperne (dnes súčasť Viedne), v ktorej sa Napoleonovi nepodarilo prebojovať na ľavý breh Dunaja. Bola to prvá porážka v jeho kariére. Po tomto neúspechu vydal cisár rozkaz prebiť sa na druhú stranu Dunaja pri Bratislave. V bojoch na pravom brehu Dunaja sa zúčastnilo na oboch stranách do 40 tisíc vojakov. Rakúske cisárske jednotky, ktorých podstatnú časť tvorili slovenskí vojaci (z Liptovskej, Oravskej, Trenčianskej a Turčianskej stolice), pod velením brigádneho generála talianskeho pôvodu Bianchiho vybudovali na pravom brehu Dunaja opevné valy na mieste dnešného Sadu Janka Kráľa v Petržalke. Za nimi boli odhodlaní ubrániť mesto za každú cenu.
3. júna 1809 Francúzi po ohromnom útoku Petržalku obsadili. Pokračovali v dobývaní Bratislavy. Ani po krvavých útokoch im však tento zámer nevyšiel. Veliteľ francúzskych vojsk generál Louis Dessaix poslal 26. júna do mesta posla s listom, v ktorom vyzval obrancov, aby sa do hodiny vzdali, inak dá rozstrieľať mesto. Tu sa v tom čase zdržiaval samotný cisár František I., ktorý toto ultimátum rázne odmietol.
Francúzi sa vypomstili besným bombardovaním mesta. V noci z 26. na 27. júna 1809 paľbou z 34 diel a 6 mažiarov začali ostreľovanie mesta, ktoré trvalo až do deviatej hodiny 28. júna. Mestu spôsobili značné škody. Petržalka celá vyhorela, v meste bolo zničených či poškodených množstvo domov, zahynuli stovky jej obyvateľov. Tí sa pred bombardovaním okryli do vinohradov na úpätí Malých Karpát.
Obrana Bratislavy však odolala a otvorila dobyvateľom brány až 14. júla 1809, na základe prímeria po Rakúšanmi prehratej bitke pri Wagrame a Znojme. Francúzi Bratislavu bez boja obsadili. Počas ich okupácie, ktorá trvala až do 19. novembra muselo nielen mesto, ale i okolité obce – Karlova Ves, Dúbravka, Záhorská Bystrica, Lamač, Prievoz znášať náklady na vydržiavanie vojakov. Podľa niektorých svedectiev (ktoré sa však nepotrvrdili) mal niekedy v auguste mesto navštíviť inkognito i samotný Napoleon.
Francúzov dodnes pripomínajú delové gule v múroch niektorých budov (napr. v múre Nemocnice Milosrdných bratov na Námestí SNP a inde), kam si ich obyvatelia mesta neskôr vmurovali.
Jednou z najvýznamnejších vojenských jednotiek, ktoré zasiahli do bojov o Bratislavu, boli uhorskí granátnici zo slávneho pešieho regimentu Alexander, ktorý sídlil vo vodných kasárňach v dnešnej budove Slovenskej národnej galérie. Jeho mužstvo tvorili prevažne Slováci. Za svoje meno pluk vďačil ruskému cárovi Alexandrovi I. Pavlovičovi, ktorý obdivoval jeho vojenské umenie a preto sa stal jeho titulárnym majiteľom. Uniforma vojakov tohto pluku sa skladala z modrých, tzv. uhorských nohavíc a bieleho kabáta, typického pre rakúsku armádu. Na hlavách mali vojaci granátnické medvedice.
Pripomienkou týchto historických chvíľ bola ukážka bojových akcií pod názvom Obliehanie Bratislavy Napoleonom 30. júna a 1. júla 2007 v Sade Janka Kráľa.
