V roku 1890 ju ako súčasť dominikánskeho kláštora svätého Štefana založil Marie-Joseph Lagrange (1855-1938). V roku 1920 dostala uznanie od Francúzskej akadémie vied a odvtedy nesie aj svoj súčasný názov.
Vnútro kostola sv. Štefana, ktorý je súčasťou celého kompelxu.
Už od prvých rokov svojej existencie škola vyformovala skupinu vynikajúcich biblistov a archeológov ako Marie-Antonin Jaussen (1871-1962), Louis-Hugues Vincent (1872-1960), Antoine-Raphaël Savignac (1874-1951), Felix-Marie Abel (1878-1953), Edouard-Paul Dhorme (1881-1966) atď. Začiatkom 30-tych rokov nastúpila druhá generácia, medzi ktorých patrili Roland de Vaux (1903-1971), Raymond Tournay (1912-1999), Pierre Benoit (1906-1987), Marie-Emile Boismard (1916-2004) a ďalší. Škola sa preslávila najmä svojou aktívnou účasťou na vykopávkach v Kumráne a na výskume zvitkov, ktoré sa našli v jeho okolí. Bol to predovšetkým Roland de Vaux, ktorý celý archeologický prieskum viedol.
Zakladateľ školy páter Lagrange je pochovaný priamo v kostole sv. Štefana.
Aj dnes má škola výborných odborníkov v danej oblasti ako napríklad Émile Puech, jeden z najväčších odborníkov na Kumránske zvitky, Jean-Baptiste Humbert, archeológ, v súčasnosti robí vykopávky najmä v Jordánsku, Jean Michel de Tarragon, odborník na ugaritský jazyk a literatúru, Jerome Murphy O´Connor, odborník na Nový zákon a ďalší. Škola sa venuje akademickému vzdelávaniu - umožňuje doktorandské štúdium v biblických vedách a jazykoch. Má vynikajúcu a bohatú vedeckú knižnicu špecializovanú predovšetkým na archeologickú a biblickú literatúru. Po rekonštručných prácach ju za účasti Romana Prodiho, vtedajšieho prezidenta Európskej komisie, otvorili v roku 2001.
V areáli École biblique sa nachádza aj krypta so zosnulými profesormi.
