Od roku 1998 Figeľ zastaval dva funkcie súčasne: štátny tajomník Ministerstva zahraničných vecí SR a hlavný vyjednávač SR pre rokovania o vstupe SR do Európskej únie. Pre časté cesty do Bratislavy sa Figeľ s rodinou presťahoval do hlavného mesta. Odvtedy býval v rôznych podnájmoch. Figeľ chcel, aby jeho manželka a tri deti + štvrté ktoré bolo na ceste už konečne bývali vo svojom. Päť rokov Figeľ žiadal mesto Bratislavu, aby mu pridelilo byt. V roku 2001 Figeľovi pridelili byt spolu so stovkami jednoduchých ľudí. Sem - tam sa objavili i prominentný majitelia bytov ako napr. : I. Mikloš, L. Žitnianska.
Práca Figeľa ako hlavného vyjednávača o vstupe Slovenska EÚ bola veľmi náročná. Vyžadovala si veľa trpezlivosti, diplomacie, empatie. O Figeľovi sa písalo, že má inteligentné vystupovanie, na rozdiel od svojich kolegov z Poľska, Čiech. Poľský vyjednávač vrieskal a český ziapal.
Figel začal ako vyjednávač od roku 1998. Odvtedy urobil veľký kus práce. Slovensko malo uzatvoriť 31 kapitol. Kým ostatné krajiny mali už niekoľko ročný náskok pred Slovenskom /Poľsko, Maďarsko, Česká republika/, Figeľa to neodradilo. Slovensko začalo dobehovať štáty zo strednej Európy. Figeľové úsilie o vstúp Slovenska do Eu, ohrozil rok 2002, ktorý bol rokom volieb. Hrozilo, že sa k moci znova dostane predseda HZDS Vladimír Mečiar, a že sa Slovensko dostane znova do izolácie, ako to bolo do roku 1998. Našťastie voľby Mečiar prehral. Figeľ mohol ďalej vyjednávať vstup Slovenska do EU. Prvé kapitoly boli najľahšie napr. : vedu a výskum, malé a stredné podniky, školstvo a vzdelánie a štatistika. Tieto kapitoly si nežiadali veľa legislatívy. Čím vyššie číslo kapitoly, tým boli ťažšie. Medzi najnáročnejšie kapitoly patrili napr.: vnútra a justície, tzv. šengenské záležitosti, životné prostredie, daňová politika, poľnohospodárstvo.
Na otázku, s kým by sa Ján Fgeľ nevedel dohodnúť, odpovedal, že by sa nevedel dohodnúť s ľuďmi, ktorí si nevážia svoje hodnoty.
V roku 2001 Ján Figeľ utrpel ťažký úraz poranenie krčnej chrbtice počas futbalového zápasu. Pre Figeľa - vyjednávača hrozilo, že zostane na invalidnom vozíku. Našťastie Figeľ sa po niekoľkých operáciách chrbtice a následnom liečení zotavil. Po rekonvalescencii vyhlásil, že telu stačilo politiky, ale duchu nie. Ešte počas liečby pokračoval vo svojej práci naďalej.
Veľký politický vzor Jána Figeľa je otec Európy Róbert Shumann.
Rôzne média prinášali veľa správ o Figeľových úspechoch.
Veľkú zásluha na úspešnom priebehu integrácie Slovenska do EU mal náš hlavný vyjednávač Ján Figeľa. košický Korzár v roku 2003
Ján Figeľ je prototypom práve sa rodiaceho Europana. Jeho vzdelanie snašenie aj kultivovanosť. V polovici roka 2004 sa i zásluhou Jána F. priradíme k spojeným EU. Časopos Miau