Vysoké školy boli zatvorené a ich študenti často odoslaní do väzenia alebo niektorého z koncentračných táborov. Okupácia sa dotkla aj cirkevného života.
Matričné formuláre museli byť dvojjazyčné. Hlavnú úlohu tu hrali krstné listy. Osoby činné vo verejnom živote (vrátane duchovných) museli preukázať árijský pôvod. Niektorí odvážni kňazi vystavovali židom, ak si to priali, fingované krstné listy pre nich aj pre ich predkov. Väčšina evanjelických farárov začala pre svoje kázania používať biblické texty hlavne zo Starého zákona. Keď hovorili o "faraónoch" alebo "Egypťanoch" či Babylone, každý vedel, čo tým myslia.
Skoro po okupácii sa začali vytvárať skupiny odporu, kde sa evanjelici spájali so Sokolmi, sociálnymi demokratmi, socialistami, niekedy aj komunistami. Jedna taká odbojová skupina vznikla v oblasti Domažlíc. Bol v nej duchovný Miroslav Bič, neskorší profesor Starého zákona na Husovej fakulte. Za účasť na odboji bol zatknutý, prežil väzenie v Terezíne aj koncentračný tábor Dachau, kde sa stretol s ďalšími českými duchovnými zatknutými gestapom za účasť v odboji (napr. Bohumír Opočenský).
Strediskami odboja sa stávali aj niektoré zbory českobratskej evanjelickej cirkvi. V ich zbore na Smíchove v Prahe sa pod rúškom biblických hodín schádzala odbojová skupina "Předvoj", aj napriek tomu, že mala socialistické, takmer až komunistické smerovanie. Na moravskom Valašsku evanjelické zbory s podporou duchovných pomáhali slovenským partizánom, ktorí prechádzali na Moravu.
Faktografická dokumentácia o obetiach českých katolíkov, obzvlášť kňazov, je dostatočne spracovaná. Najväčšiu zásluhu na tom má kanovník Josef Beneš, najprv v knihe Ač zemřeli ještě mluví, ktorú neskôr doplnil v "Kaine, kde je tvuj bratr?" Podľa neho bolo iba v koncentračnom tábore Dachau spolu 2.771 duchovných, z toho z Československa 122. Katolíckych kňazov bolo 93,3%. Popravených, umučených a na následky väznenia zomrelých bolo z Československa 76.
Takmer notoricky známym českým väzením, kam nacisti zatvárali svojich odporcov, bola Malá pevnosť v Terezíne. Omylom sa dlho tradovalo, že to bol koncentračný tábor. Aj keď to oficiálne bola policajná väznica, podmienky, v ktorých tam väzni žili a to, ako sa s nimi zaobchádzalo, dávali dôvod na tento omyl.
Medzi rokmi 1940 a 1945 tam úradovne gestapa odovzdali 27.000 mužov a 5.000 žien. Táto väznica nebola určená na odpykanie trestu. Asi polovica väzňov bola skôr či neskôr deportovaná do koncentračných táborov alebo odovzdaná nacistickým súdom. Historikom sa medzi nimi podarilo zachytiť údaje o 144 osobách zaradených do kategórie duchovenstva (143 mužov a jedna žena), 118 z nich bolo Rímsko-katolíckych duchovných, 12 z Cirkvi československej, traja z Českobratskej evanjelickej, traja z Jednoty bratskej, po jednom z Jednoty českobratskej, z pravoslávnej, jeden rabín a jeden nešpecifikovaný evanjelik. Dôvody na zatknutie boli prevažne individuálne skutky odporu, niektorí však boli pravdepodobne zapojení do odbojovej činnosti. Duchovní síce boli považovaní za rovnakých väzňov ako ostatní, bez akýchkoľvek privilégií, ich situácia však bola o niečo zložitejšia, pretože si na nich vybíjali zlosť mnohí dozorcovia, týrali ich a ponižovali pred ostatnými. Aj tak našli spôsoby, ako poskytovať ostatným väzňom duchovnú pomoc, posilu. Voľný čas vypĺňali kázňami a čítaním Biblie, ktorú sa dvom z nich podarilo prepašovať do cely. Mohli dokonca, potajomky slúžiť improvizované omše, čo bolo pre všetkých vítanou úľavou a psychickou podporou.
144 ľudí kategórie duchovenstva prešlo Malou pevnosťou. Priamo v Terezíne zahynulo osem osôb. V koncentračných táboroch, kam bolo odvlečených 61 väzňov, ich zahynulo najmenej devätnásť. Vo väzniciach a kázniciach zomreli ďalšie tri duchovné osoby.
Toto je iba minimalistická ukážka postoja cirkví a duchovných na území vtedajšieho Protektorátu Čechy a Morava počas Druhej svetovej vojny. Zo zrejmých dôvodov sa o väčšine z nich a o skutkoch, ktoré vykonali na záchranu životov nič alebo takmer nič nevie. Takisto ako sa vie alebo nevie o mnohých z tých na druhej strane barikády.
Vie sa ale celkom dosť o udalostiach okolo druhého najznámejšieho atentátu na predstaviteľa Tretej ríše - na ríšskeho protektora Reinharda Heydricha a o podiele kňazov aj laikov na týchto udalostiach.
O tom ale nabudúce.
Zdroj informácií: "Účasť kresťanov v protifašistickom odboji v strednej Európe v rokoch 1933-1945." Zborník materiálov z medzinárodnej konferencie, ktorá sa uskutočnila v októbri 2000 v v múzeu SNP v Banskej Bystrici.