Dovtedy mohli byť talianski židia členmi fašistickej strany tak isto ako ostatní Taliani. 14. júla 1938 Mussollini vydal svoj "Árijský manifest." Pozostával z niekoľkých bodov, z ktorých hlavným bol deviaty: "Židia nepatria k talianskej rase." Nádväzné antisemitské zákony viedli k otvorenej osobnej roztržke medzi Mussollinim a Piom XI., ktorá trvala až do pápežovej smrti. Nemecké noviny "Völkischer Beobachter" 2. augusta uviedli, že "Vatikán odmietol rasovú doktrínu od úplného začiatku,... Vatikán prijal politické stanovisko v opozícii k Národnému socializmu." Pápež na to v septembri prehlásil:
"Abrahám je v katolíckej omši náš patriarcha a predchodca. Antisemitizmus je nezlúčiteľný s ideou, ktorú tento fakt predstavuje. Nie, nie, vravím vám, že je nemožné aby bol kresťan súčasťou antisemitizmu. Je to neprípustné. Duchovne sme všetci semiti."
Svätá Stolica tiež dala jasne najavo pápežovu opozíciu voči fašistickej politike masívnou kampaňou vo vatikánskych novinách L´Osservatore Romano. Pápež tiež poslal ducemu rukou písaný list, v ktorom ho žiadal, aby boli židovskí katolíci vylúčení spod pôsobnosti nového rasového zákona. Mussollini neodpovedal. Pravdepodobne vďaka vplyvu Vatikánu väčšina Talianov odmietla dodržiavať protižidovské zákony. Organizácie na pomoc židom fungovali takmer bez prerušenia až do obsadenia Talianska Nemcami v septembri 1943.
Keď Mussollini začal tvrdo vymáhať plnenie antisemitskej legislatívy, talianske cirkevné úrady vydali pokyn katolíkom, aby židom poskytovali pomoc. Mnohí z nich potom boli "konvertovaní" vydávaním falošných krstných listov, aby takto mohli byť chránení Lateránskou dohodou.
Nakoniec doško k akejsi "dohode o prímerí", keď Vatikán prestal verejne kritizovať fašistický režim a na oplátku Mussollini odmietol Nemcov, keď žiadali deportácie židov do ghet a vyhladzovacích táborov v okupovanom Poľsku. Fašistický režim odmietol aj keď Nemci žiadali, aby Taliansko vydalo židov, ktorí ušli z územia Francúzska. Intervencie kardinála Montiniho a nuncia v Taliansku Borgongini Ducu v marci 1943 prispeli k tomu, že z talianskom okupovaných území Francúzska a Chorvátska bolo do Talianska privezených vyše 5.000 ohrozených židov.
Pätnásteho septembra 1943, týždeň po tom, čo nemecká armáda obsadila Rím, ríšsky vodca SS Heinrich Himmler na Hitlerovu osobnú žiadosť nariadil deportáciu odhadovaných 56.000 talianskych židov, z ktorých okolo 8.000 žilo v Ríme. Vatikán sa o tom dozvedel a prostredníctvom organizácie DELASEM informoval vedenie ich obce.
Hneď v prvých dňoch po nemeckej invázii Pius zaangažoval do veci nemeckého kňaza, pátra Pankracia Pfeiffera, generálneho nadriadeného Salvatoriánov, ktorých kláštor bol v bezprostrednej blízkosti Vatikánu. Od tejto chvíle sa stal hlavným pápežovým vyjednávačom s Nemcami. Vtedy ešte netušil, že do dejín vojde ako "rímsky Schindler" alebo "anjel Ríma." Svojou činnosťou zachránil okolo 400 židov a nespočetné množstvo príslušníkov hnutia odporu. Jeho prvá vcesta viedla za generálom Rainerom Stahelom, novovymenovanmým vojenským veliteľom mesta. Po niekoľkých stretnutiach uzavreli niečo, čo Stahel neskôr nazval "súkromný konkordát". Pfeiffer v mene pápeža potvrdil, že Cirkev nebude vyzývať na opozíciu ale na pokoj a poriadok. Generál za to prisľúbil záruku suverenity Vatikánskeho štátu vrátane jeho majetku mimo samotného územia štátu, všetkých kláštorov a náboženských inštitúcií. V tomto zmysle potom boli v nemčine a taliančine vytlačené vyhlásenia a pripevnené na každú takúto budovu. Nemeckí vojaci mali zákaz tam vstúpiť a vykonávať razie, či prehliadky (titulná fotografia). Ďalšie zdržiavanie deportácie židov z Ríma viedlo neskôr k rozporom s vedením rímskej SS a malo za následok odvelenie generála Stahela na východný front.
Aby bolo možné v takto chránených budovách ubytovať čo najviac ľudí, pápež vydal nariadenie o zrušení klauzúry.
Františkánsky kláštor a priľahlá nemocnica takto mohli schovať okolo 400 židov, klášor Sestier Sionu vyše 180. Vatikánsky štátny sekretariát vo svojom "Instituto Maria Santissima Bambina" schovával 120 osôb, Saleziáni vo svojom vidieckom sídle ukrývali v katakombách asi 100 židov, niekoľko stovák utečencov bolo schovaných v pápežskom letnom sídle "Castel Gandolfo."

Podobná sieť úkrytov pre prenasledovaných židov bola na pokyn kardinála Montiniho zriadená v arcidiecéze Assisi. Zachránili tam stovky ľudí.
Takmer okamžite po začatí vojny pápež zriadil Informačný úrad, ktorého chrbtovou kosťou bol Vatikánsky rozhlas a postupne desiatky väčšinou rádových sestier, triediacich informácie o zajatých a nezvestných vojakoch. Rozhlas potom vysielal odkazy domov od ľudí vo väzeniach či zajateckých táboroch, určené na upokojenie ich rodín doma.
S pápežovým povolením mons. Baldelli založil "Pontifikálnu komisiu pomoci" (Pontificia Commissione di Assistenza - PCA), ktorá sa zo skromných počiatkov rozrástla na množstvá nákladných áut rozvážajúcich dary, teplé oblečenie, jedlo, zdravotnícke potreby a lieky. Z tejto pomoci neťažili iba vojaci a zajatci, bola rozvážaná do rôznych oblastí Talianska, Francúzska, Nemecka, Rakúska, Maďarska a inde. Najprv na nákladných autách neskôr v železničných vagónoch.
Pomoc pochádzala od rôznych darcov v zahraničí, USA, Južnej Ameriky, aj od spojeneckých vlád, čiastočne bola financovaná aj z vyzbieraných milodarov a pápežovho osobného účtu. Jednou z hlavných osôb pri organizovaní uskladnenia a distribúcie pomoci bola pápežová dlhodobá gazdiná a asistentka sestra Pascalina Lehnertová, asi prvá žena, ktorá sa dostala do centra diania vo Vatikáne (Jej život bol celkom dobre sfilmovaný- God's mighty servant (TV Movie 2011) - IMDb).
Pokračovanie.
Zdroj informácií: Michael Hesemann - The Pope and the Holocaust.
Ronald J. Rychlak - Hitler, the War and the Pope.
sr. M. Pascalina Lehnert - His Humble Servant.
Gary L. Krupp - Pope Pius XII. and World War II - The Documented Truth.