Z jeho tvorby je podnes jeho najvýznamnejším dielom Murices...sive Apologia (po latinsky napísaná ) kniha "Ostne...a či Obrana" vydaná v Púchove r. 1728, ktorá je ostrou reakciou na spis Michala Benczika "Novosima dialeta", ktorý napísal tento profesor na Trnavskej univerzite a v ňom označil Slovákov za potomkov Maďarmi podrobeného Svätoplukovho ľudu a tým chcel spochybniť rovnoprávnosť Slovákov v Uhorsku.
Baginova Obrana je prvým známym dielom o historických právach slovenského národa. Dielo je dostupné už aj v digitalizovanej podobe, ktorú možno zadarmo stiahnuť z edície Zlatý fond, sme.sk.
Ján B. Magin v ňom prvý poukázal na etnickú celistvosť slovenského národa, vymedzil jeho územie a hranice a zdôraznil svojprávnosť Slovákov. Maginova Obrana zaujala významné miesto v procese formovania slovenského národného povedomia. Dokazoval v ňom starobylosť a autochtónnosť Slovákov v Uhorsku, vyzdvihol cyrilometodské dedičstvo, čím položil základy národnouvedomovaciemu obrodeneckému zápasu, na čelo ktorého sa postavila generácia slovenskej inteligencie, ktorá pochádza z chudobných vrstiev národa.
Magin vo svojom spise, ktorý je vlastne dialógom rozvinul myšlienky o starobylosti a význame Trenčína, o rozšírenosti slovanských jazykov a tiež o slávnej minulosti Slovanov a Slovákov v Uhorsku.
Je to najstaršia politická, národná a kultúrna obrana Slovákov v Uhorsku, napísaná vzdelaným a rozhľadeným mužom, ktorý bol od roku 1731 titulárnym kanonikom nitrianskej diecézy.
V procese poznávania je Ján Baltazár Magin významná osobnosť, ktorá si zaslúži pozornosť a úctu v stĺporadí krehkých identít národa.
(Prameň informácií: z internetového portálu Osobnosti.sk, a edície Zlatý fond, sme.sk)