Oba mylné názory na vzťah filozofie a vedy - označovanie buď filozofie alebo vedy za nezmysel (pozri časť I.) - sú škodlivé, pretože znemožňujú plodnú interakciu medzi filozofickými a vedeckými myšlienkami. Pritom existuje veľa oblastí, kde si má veda a filozofia čo povedať a kde sa vzájomne obohacujú. Napríklad, (dobrá) filozofia používa logické a systematické myslenie. Aplikácia logiky vo filozofii sa ukázala a ukazuje ako veľmi plodná - používa ju najmä analytická filozofia. Ďalej, veľa vecí, ktoré sa pokladali za prírodnými vedami netestovateľné, sa v dôsledku technického pokroku ukázali ako empiricky testovateľné, napríklad ne/existencia časového počiatku vesmíru, ne/existencia elementárnych častíc, a podobne. Filozofia napomáha vede v tom, že metafyzické (t.j. súčasnú vedu presahujúce) myšlienky môžu viesť k empiricky testovateľným (teda vedeckým) teóriám alebo môžu povzbudzovať ich hľadanie. Napríklad viera v Boha – Zákonodarcu stimulovala stredovekých učencov k hľadaniu prírodných zakonov.
Filozofia sa zaoberá aj otázkami, ktore plne nemôžeme pojať iba empirickými metodami (napr. existencia Boha, existencia slobodnej ľudskej vôle). Hovorím, že plne nemôžeme (nie, že vôbec nemôžeme) – veď povedzme otázku ne/determinovanosti človeka rieši biológia, psychológia, sociológia. Ide o problém, či je správanie človeka plne (na 100 %) determinované (ovládané, určované) biologickými, psychickými, sociálnymi faktormi. Napriek veľkým pokrokom v oblasti vedy, vždy zostane pri riešení podobných otázok istý priestor pre filozofickú reflexiu. Odlíšenie filozofického a empirického skúmania umožňuje ich vzájomnú plodnú interakciu. Veď interagovať môžu navzájom len veci, ktoré sa aspoň trochu líšia. Snahu o interakciu vidím pozitívne. Negatívne vnímam neopodstatnené zmiešavanie vedy a metafyziky, ktoré narobí viac škody ako osohu. Napríklad nájdenie istých kauzálnych (determinujúcich) faktorov v biológii a psychológii človeka môže niekoho viesť k uzáveru, že človek je plne determinovaný stroj a jeho sloboda je len ilúzia. To však už je mimo-vedecké (empiricky neoverené) tvrdenie. Často ho rôzni vedci vyslovujú, neuvedomujúc si, že neprimeraným generalizovaním prekračujú svoje vedecké kompetencie a vyslovujú výroky filozofické, nie vedecké. Je to legitímne, ak ich jasne za také označia. Ak ich nazvú závermi vedeckými, ide o omyl.
