Policajno-vojenský zásah na Slovensku však proces rozpadu Č-SR už nedokázal zastaviť, skôr naopak akoby sa minul cieľom a ešte viac podnietil protičeské nálady na Slovensku. To nahrávalo do kariet Hitlerovi a nacistom, čím pre nich vznikala vhodná zámienka na zainteresovanie sa do vnútornej česko-slovenskej politiky, pričom okamžite začala byť slovenským predstaviteľom vnucovaná podpora ich prípadnému vystúpeniu proti Prahe a ústrednej vláde. Ulice niektorých slovenských miest ovládli namiesto českých vojakov a četníkov úderné dobrovoľnícke jednotky Freiwillige Schutzstaffel (FS), čo boli polovojenské oddiely Deutsche Partei (nemecká menšinová politická strana na Slovensku), pričom týmto úderkám asistovali aj Hlinkové gardy (HG). Dusná atmosféra bola hlavne v Bratislave, asi aj z dôvodu blízkosti k nacistickej Viedni, kam uprchli pred českým zásahom aj najextrémnejší slovenskí radikáli. Práve z Viedne, viedli tieto sily spolu s nacistami prostredníctvom rozhlasu štvavú protičeskoslovenskú kampaň a napomáhali k vyhroteniu situácie aj pašovaním zbraní do Bratislavy. V Bratislave potom takto vyzbrojené a čoraz viac sa radikalizujúce jednotky FS a HG vyvolávali stále väčšiu atmosféru strachu, podporovanú aj niekoľkými výbuchmi nástražných systémov v centre Bratislavy. V takejto atmosfére strachu a obáv z ďalšieho vývoja, boli vrcholní slovenskí politici vystavovaní nátlaku zo strany nemeckých nacistov a agentov.
Nacisti vyhľadávali najprijateľnejšiu osobu z radov ľudákov, ktorá by našla dostatok politických síl k odtrhnutie Slovenska od zbytku Č-SR, aby potom Hitler mohol demonštrovať, že rozpad Č-SR bol výsledkom vnútorných rozporov medzi Čechmi a Slovákmi. Voľba padla na nového predsedu autonómnej slovenskej vlády Karola Sidora, ktorý by bol pre nacistov zároveň aj dostatočnou politickou autoritou, a bol známy aj svojimi radikálnymi protičeskými a protižidovskými vyjadreniami. Pre voľbu Sidora nacistom nahrávalo aj to, že bol veliteľom HG a samotným záujmom nemeckej agresívnej politiky vyhovovalo prípadné vyhlásenie samostatnosti z postu predsedu slovenskej vlády, čím by sa celý proces rozbitia Č-SR javil pred svetovou verejnosťou legitímnejším. V nočných hodinách sa skupina nacistických politikov ohlásila u predsedu vlády, ten ich prijal o 3. hodine ráno 12. marca 1939. Nemeckú delegáciu viedol W. Keppler (štátny sekretár na ministerstve zahraničných vecí a Hitlerov minister pre osobitné úlohy), ktorého sprevádzal viedenský miestodržiteľ Seyss-Inquart, jeho sekretár Hammerschmidt a viedenský župan J. Bürckel. Sidor však nacistov prekvapil odmietnutím ponúknutej nemeckej pomoci pri vyhlasovaní samostatnosti. Motívom pre jeho rozhodnutie bol možno aj pochopiteľný strach prameniaci z rýchlych revolučných udalostí a z nediplomatických naliehaní nacistov, pričom mu pravdepodobne neunikli ani pravé nemecké záujmy.
Týmto Sidor stratil u Nemcov kredit, ktorí sa preto orientovali na zosadeného premiéra Jozefa Tisa. Ten spočiatku na viaceré výzvy nacistických emisárov a ľudáckych radikálov z Viedne nereagoval, prijal až oficiálnu pozvánku nemeckého kancelára datovanú už na 13. marca 1939.
