Bez ohľadu na denomináciu však vplyv cirkví v Nemecku klesal, jednak v dôsledku hrôz prvej svetovej vojny, ale aj v dôsledku rastu popularity sekulárnych filozofií.
Väčšina nemeckých kresťanov sa však považovala za vlastencov a bojovala by za to, čo považovali za národný záujem. Tento nacionalizmus prispel k tomu, že niektorí veriaci prijali rast nacizmu. Rozšírený v Nemecku bol aj antisemitizmus, ktorý mal hlboký vplyv na mnohých ľudí. Väčšina Nemcov však odmietala extrémne formy nenávisti, ktoré sa prejavovali v Hitlerových neskorších vyhláseniach a činoch. Pre tých kresťanov, ktorí sympatizovali s nacistami, sa antisemitizmus a nacionalizmus zlúčili do árijskej formy kresťanstva, ktorú neskôr Hitler plne využil vo svoj prospech.
Už od začiatku mala Katolícka cirkev s Národnými socialistami rozkolísaný vzťah.
V roku 1920 Clemens August gróf Von Galen, budúci biskup z Münsteru prehlásil, že nacizmus obsahuje myšlienky, ktoré "žiadny katolík nemôže akceptovať bez toho, že by poprel zásadné body svojej viery."
Prvého októbra 1921 noviny "Bayerischer Kurier" citovali nuncia Pacelliho: "Ľudia Bavorska milujú mier. Avšak tak, ako boli zvedení počas revolúcie cudzími elementmi, hlavne Rusmi, do extrémov boľševizmu, tak si teraz iné nebavorské elementy úplne opačného presvedčenia zmysleli učiniť Bavorsko svojou operačnou základňou."

Bolo to prvé zverejnené Pacelliho varovanie pred nacizmom, nie však posledné. Zo štyridsiatich štyroch verejných prejavov, ktoré mal na nemeckej pôde medzi rokmi 1917 a 1929, minimálne štyridsať obsahovalo útoky proti nacizmu alebo proti Hitlerovým doktrínam.
Samotní nemeckí biskupi varovali pred nacizmom v rozmedzí rokov 1920 a 1927 pri piatich príležitostiach, pričom argumentovali, že Národný socializmus je totalitárny, rasistický, pohanský a protikresťanský.
Pravdepodobne v dôsledku týchto a podobných útokov sa Hitler v prejave 12. apríla 1922 vyhlásil za hlboko veriaceho kresťana. Mnohí kresťania, vrátane niektorých vodcov cirkví mu to uverili.
Páter Rupert Mayer bol vysoko vyznamenaný katolícky vojenský kaplán počas Prvej svetovej vojny. Neskôr sa začal zaujímať o nacistickú stranu, mal dokonca niekoľko prejavov k jej príslušníkom po Hitlerovom boku. Po tom, čo bližšie spoznal ideológiu a program strany, nastala v ňom dramatická zmena. V roku 1923 prehovoril na tému "Môže byť katolík Národným socialistom?" Značne sklamanému publiku povedal, že nemôže. Vypískali ho z tribúny a viac mu už žiadny prejav nedovolili.
Pacelli potom hlásil do Ríma, že Hitler pravdepodobne nezíska žiadnu skutočnú moc. Nacisti ešte neboli dosť silní na to, aby sa stali vážnou hrozbou a záujmy Cirkvi boli bránené silnou "Katolíckou stranou stredu", ktorá mala v národe aj v Reichstagu silné zastúpenie.
Po mnohých rokoch diplomatického snaženia, v januári 1920 dal Pacelli bavorskému ministrovi Hoffmannovi nótu informujúcu o túžbe Vatikánu uzavrieť dohodu o regulácii vzťahov medzi Bavorskom a Cirkvou. V auguste 1920 sa Pacelli v Mníchove stretol s nemeckým prezidentom Ebertom. Bol to začiatok vzťahov medzi Vatikánom a Weimarskou republikou. V priebehu mesiaca republika oznámila svoj zámer na zriadenie nemeckého veľvyslanectva vo Vatikáne. Krátko na to Pacelli odcestoval do Berlína na stretnutie s ďalšími nemeckými zástupcami. Nemci vymenovali veľvyslanca vo Vatikáne a Pacelli bol vymenovaný ako nuncius vo Weimarskej republike, na dôvažok k funkcii nuncia v Bavorsku.
V roku 1929 bolo Pacellimu oznámené rozhodnutie pápeža o jeho návrate do Ríma, kde bol neskôr vymenovaný za kardinála a čoskoro do funkcie vatikánskeho štátneho sekretára (ministra zahraničia). Do Nemecka sa už nevrátil.
Pokračovanie Vatikán a fašizmus do druhej svetovej vojny. Tretia časť: nemecký klér po roku 1930. - Anton Kovalčík - (blog.sme.sk)
Zdroj informácií: Michael Hesemann - The Pope and the Holocaust.
Ronald J. Rychlak - Hitler the War and the Pope.