Na Trnávke ostali len niektorí a aj tí mali veľmi sťažené podmienky. Každý večer museli kvôli hrozbe náletov zatemňovať všetky okná, a aj požehnanie so sviatosťou sa posunulo o hodinu skôr. Teraz bývalo večer o piatej. Oratórium pustlo, pretože už nebolo možné robiť nedeľný program. Táto zlá situácia sa aspoň načas vyriešila tak, že o pár dní prišiel na Trnávku asistovať Cyril Marek, ktorý bol asistentom v Trnave.Mobilizácia bolestne postihla aj prácu v iných ústavoch. Zo Šaštínskeho ústavu musel odísť do služieb vlasti direktor a traja asistenti. Študenti boli po príchode do Šaštína poslaní ešte na dva týždne domov.Aj Československo muselo zaplatiť daň nenásytnosti Nemeckej ríše. Stalo sa to 29.septembra v Mníchove, kde sa zišli na poradu predstavitelia štyroch veľmocí, aby sa dohodli, čo urobia s Československom - malým mladým štátikom v srdci Európy. O necelý mesiac malo Československo sláviť 20. výročie svojej existencie. Predstavitelia Nemecka, Talianska, Francúzska a Veľkej Británie sa v Mníchove rozhodli "o nás bez nás", že sa musíme zrieknuť určitých území. V Čechách sa jednalo o územia obývané sudetskými Nemcami a na Slovensku o pohraničné kraje s Poľskom a Maďarskom.Na Slovensku povolávali do armády stále viac a viac chlapov. Nikto nevedel, ako sa to všetko bude vyvíjať. Mobilizácia postihla aj saleziánsky ústav v Trnave. Vojaci si z neho urobili nemocnicu, a tak všetci študenti museli ísť domov. V dome vtedy bývalo okolo 150 chlapcov. Tretina z nich sa potom chodila učiť na štátnu školu, druhá tretina do biskupského gymnázia a ostatní - aspiranti sa učili doma. Vyučovanie na štátnom gymnáziu bolo vtedy dosť nepravidelné, a preto bolo potrebné veľa doháňať.Aj v tomto nepokojnom ovzduší, ktoré vládlo na Slovensku sa podarilo v Trnave rozbehnúť jednu dobrú iniciatívu. V septembri vyšlo prvé číslo časopisu "Mládež a misie". Bol to časopis určený pre mládež a celoročné predplatné bolo 5 korún. V tomto časopise boli zaujímavé príbehy zo života misionárov, rozličné súťaže, hádanky a hry. Mladí tento časopis veľmi radi čítavali.Začiatkom októbra napätie na Slovensku výrazne stúplo. Každý očakával čo sa bude diať. Jeden salezián z Trnávky túto situáciu opísal takto:Celý týždeň bol nekľudný. Mobilizácia trvala do soboty. Nemci zaberali kraje v Čechách, tu bola neistota, čo vlastne bude, neistota o existenciu, či tu bude Slovensko, alebo či Bratislava pripadne Maďarsku. Vec sa vyriešila vo štvrtok 6.októbra 1938, keď bola v Žiline prehlásená autonómia Slovenska.
