Vyrástol v Ríme, kde absolvoval Collegio Capranica, významný kňazský seminár, ktorého absolventom bol aj Eugenio Pacelli. Po vysvätení sa stal kňazom chudobných a chorých v Ríme, spovedníkom zomierajúcich a väzňov. Tiež sa stal rodinným priateľom Pacelliovcov.
Po tom, čo Taliansko v roku 1940 vstúpilo do vojny sa podľa predpokladov mal utiahnuť na perifériu, k trpiacim, súčasne však, pravdepodobne na pápežov podnet, plánoval zistiť či sa správy o nacistických zverstvách v Poľsku a na Ukrajine zakladajú na pravde. Už predtým, počas Prvej svetovej vojny, slúžil ako vojenský kaplán pre Rád maltských rytierov, preto teraz požiadal o obnovenie služby. Takto, vo veku 56 rokov, začal slúžiť na tejto pozícii v nemocničných vlakoch, ktoré transportovali ranených vojakov z východného frontu do rádových nemocníc v Ríme a Neapoli.
Na týchto cestách po oblastiach Poľska a Ukrajiny, ktoré boli pod nemeckou nadvládou sa osobne vo Viedni stretol s kardinálom Innitzerom, ktorý bol ešte stále otrasený z deportácie posledných viedenských Židov a v Krakove s arcibiskupom Sapiehom, s ktorým sa poznal ešte zo štúdií v Ríme. Od neho sa dozvedel nielen o tom, ako veľmi trpia Poliaci pod nacistickým terorom, ale aj o podmienkach v Krakovskom ghete, kde bolo v domoch pôvodne určených pre 3.000 ľudí natlačených 15.000.
Po tom, čo sa vrátil do Ríma, kontaktoval štátneho tajomníka Maglioneho, ponúkol mu vypracovanie správy o dojmoch z jeho cesty a požiadal o osobné stretnutie s pápežom. Audiencia mu bola udelená, na vatikánske pomery, takmer okamžite - o dva dni. Otrasený pápež ho po vypočutí požiadal o kompletnú správu a poveril ho úlohou, aby na svojich budúcich cestách nazbieral toľko detailov o prenasledovaní a masakrách, koľko bude možné. Prvé takéto memorandum, adresované priamo pápežovi sa v archívoch zachovalo s dátumom 6. januára 1942.
Súčasne sa stal tajným osobným poslom pápeža, prevážajúcim súkromné listy, správy a peniaze medzi pápežom a biskupmi v obsadených krajinách.
Približne v tom istom čase zvolal Reinhard Heydrich, jeden z najvyšších vodcov SS, pätnásť vysokopostavených predstaviteľov nemeckej vlády a SS na konferenciu v berlínskom predmestí Wannsee 20. januára. Mala jedinú úlohu naplánovať "konečné riešenie židovskej otázky", teda úplnú likvidáciu. V tom čase už bolo na územiach obsadených Wehrmachtom zavraždených 900.000 židov z Nemecka, Poľska a ZSSR. Výsledkom konferencie bol plán na likvidáciu 11 miliónov židov z celej Európy s kvótami pre jednotlivé štáty. Zo Slovenska ich malo byť vyvezených a povraždených 88.000.

Pius XII. sa od Josefa Müllera a konšpirátorov v nemeckej tajnej službe dozvedel o masakrách židov vo Východnej Európe. Scavizziho správa mu po prvýkrát poskytla jasnú predstavu o systematickom vyvražďovaní. Potvrdila sa tým aj správa Gerharda Riegnera zo Svetového židovského kongresu, ktorá bola v marci 1942 doručená apoštolskému nunciovi v Berne Bernardinimu.
V Holandsku sa potom prihodila udalosť, ktorá mala významný vplyv na ďalší postup Vatikánu.
V okupovanej krajine žilo okolo 160.000 židov, z toho asi 70.000 v Amsterdame. Vo februári 1941 tam nacisti zorganizovali sériu antisemitských útokov. Chceli si vyskúšať, ako bude miestna populácia na pogromy reagovať a či sa zapojí. V skutočnosti sa však židom podarilo útoky výtržníkov v hnedých košeliach odraziť, bolo to však Pyrrhovo víťazstvo. Nabudúce, keď sa postavili na odpor, poskytli Nemcom zámienku na zatknutie 425 z nich a na ich deportáciu do koncentračného tábora. Na protest zorganizovali ich kresťanskí spoluobčania sériu štrajkov na železnici, v zbrojovkách a iných strategických podnikoch. Nacisti okamžite zaútočili, zatkli stovky robotníkov a požadovali finančnú náhradu vo výške 18 miliónov guldenov, ktorú mal zaplatiť celý holandský ľud. Do troch dní štrajky skončili a všetci židia v Holandsku boli daní pod správu "Židovskej rady," zloženej z kolaborantov.
Sedemnásteho februára sa stretli zástupcovia Katolíckej cirkvi a Reformovaných komunít, aby s ríšskym komisárom pre Holandsko Seyß-Inquartom situáciu prediskutovali a doručili mu písomný protest. Na nacistov to neurobilo žiadny dojem. V apríli Adolf Eichmann informoval svojho holandského zástupcu, že v lete začne deportácia 160.800 holandských židov. 9.7. odišli prvé dva transporty. O dva dni neskôr sa znovu stretli zástupcovia Katolíckej a vodcovia Reformovaných cirkví. Ríšskemu komisárovi poslali protestný telegram. Keď naňho nedostali odpoveď, rozhodli sa, že ho zverejnia v spoločnom pastierskom liste veriacim. Až potom Seyß-Inquart reagoval a prisľúbil, že urobí výnimku pre všetkých "neárijských kresťanov" (pokrstených židov) a pre nežidovských partnerov zo zmiešaných manželstiev pod podmienkou, že ten pastiersky list nebude v kostoloch čítaný. Synoda Reformovaných cirkví na to pristúpila, katolícky biskup Utrechtu Jan de Jong naopak, dal list 26. júla čítať z kazateľníc všetkých kostolov v jeho diecéze.
Dôsledky toho boli katastrofálne. Päť dní po čítaní listu dal Seyß-Inquart zatknúť všetkých katolíckych židov v Holandsku a deportovať ich do Osvienčimu. V oficiálnom oznámení bolo uvedené, že je to protiopatrenie proti pastoračnému listu z 26. júla. Najprominentnejšou obeťou z 1.019 deportovaných bola Edith Stein. Do táborov bolo vyvezených aj niekoľko desiatok mníchov a rádových sestier a boli naplánované ďalšie podobné opatrenia. Na základe toho holandské evanjelické cirkvi okamžite odvolali akékoľvek protestné aktivity, čím dosiahli výnimku z deportácií pre 8.000 židov, ktorí konvertovali na kresťanstvo a pre partnerov zo zmiešaných manželstiev. De Jong a ďalší biskupi však v protestoch pokračovali.
Štvrtého augusta bolo do koncentračných táborov vyvezených 40.000 Židov.
Zo žiadnej inej západoeurópskej krajiny obsadenej Nemcami nebolo do táborov smrti deportovaných väčšie percento židov, než z Holandska - 67%, inými slovami 107.000 ľudí.
Keď sa o proteste biskupa de Jonga dozvedel Pius XII., spočiatku bol nadšený. Na základe nepresnej správy z 28. júla o proteste holandských evanjelických aj katolíckych biskupov, veriac, že verejný protest nakoniec môže niečo dosiahnuť, ešte v tú noc napísal obsiahly článok, ktorý sa na druhý deň mal objaviť v L´Osservatore Romano. Keď sa dozvedel, čo sa v skutočnosti stalo, podľa svedectva jeho dlhoročnej gazdinej sestry Pascaliny Lehnertovej, zišiel do kuchyne, z ktorej museli odísť všetci zamestnanci a iba v prítomnosti sestry Pascaliny spálil celý zamýšľaný článok s odôvodnením, že ak jeden list holandských biskupov stál život 40.000 ľudí, po proteste od pápeža by o život prišlo možno ďalších 100.000. Z tohto dôvodu je lepšie na verejnosti mlčať a "v tichostí v pozadí robiť všetko, čo sa dá pre tých úbohých ľudí."
V septembri 1942 prezident Roosevelt zaslal pápežovi správu, v ktorej boli uvedené detaily o nacistických zverstvách páchaných vo varšavskom ghete a opýtal sa či Vatikán má nejaké informácie, ktoré by to potvrdzovali. V polovici októbra dostal odpoveď, kde sa uvádzalo, že aj Svätá Stolica má správy o brutálnych opatreniach proti židom, nemožno však nezávisle overiť ich pravosť.
Koncom roka 1942 Pius poslal poľským biskupom tri listy, v ktorých im vyjadril podporu. Listy mali byť ďalej rozšírené a prečítané veriacim. Biskupi sa pápežovi poďakovali, odpovedali však, že nemôžu jeho slová publikovať ani prečítať nahlas, pretože by to viedlo k ďalšej perzekúcii židov aj kresťanov.
Vo svojom tradičnom vianočnom posolstve, vysielanom prostredníctvom vatikánskeho rozhlasu, Pius XII. povedal, že "svet je ponorený do temnoty tragickej chyby... Cirkev by prestala byť vernou sama sebe, prestala by byť matkou, ak by sa stala hluchou k výkrikom jej trpiacich detí, ktoré sa k jej ušiam dostávajú z každej časti ľudskej rodiny..." Povedal, že "Ľudstvo dlhuje sľub nepoľaviť v snahe pokým sa statočné duše každého národa na Zemi nespoja v snahe priviesť spoločnosť a samých seba k službe človeku a vznešenosti ľudskej spoločnosti. Ľudstvo dlhuje tento sľub všetkým obetiam vojny, vrátane stoviek tisíc tých, ktorí nie vlastnou vinou, ale výlučne na základe ich príslušnosti k národu alebo rase, boli odsúdení na smrť alebo postupné vyhladenie."
Pápež takisto odsúdil totalitné režimy a priznal mieru zodpovednosti niektorých častí Cirkvi:
"Veľká časť ľudskej rasy a nie málo, nebojíme sa povedať, nie málo aj tých, ktorí sa nazývajú kresťanmi, nesie nejakú časť kolektívnej zodpovednosti za chyby, katastrofy a nízky stav morálky modernej spoločnosti." Urgoval všetkých katolíkov, aby poskytli prístrešie všade, kde je to možné.
Nemecký veľvyslanec Bergen, na základe pokynov ministra zahraničia Ribbentropa, okamžite varoval pápeža, že nacisti budú hľadať možnosť odplaty ak sa Vatikán odchýli od svojej neutrálnej pozície.
Pokračovanie.
Zdroj informácií: Ronald J. Rychlak - Hitler, the War and the Pope.
Ronald J. Rychlak - Righteous Gentiles.
Michael Hesemann - The Pope and the Holocaust.
M. Pascalina Lehnert - His Humble Servant.