Pred nacistickou inváziou do Juhoslávie (6.4.1941) mala diecéza Maribor 654.000 členov, 254 farností a takmer 600 členov kléru rôznych kategórií. V priebehu troch mesiacov po útoku gestapo zatklo, zavraždilo alebo vyhnalo 85% z nich. Zostalo iba 91 farností, v každej iba jeden kňaz. V ľubľanskej diecéze mala Nemcami okupovaná oblasť 128 farností. Do konca júna 1941 bolo 137 kňazov zabitých, 74 bolo vyhnaných a 37 ich radšej preventívne ušlo za hranice.
Vo svojom veľkonočnom posolstve, vysielanom z Vatikánu 13. apríla pápež znovu volal po mieri a spravodlivom zaobchádzaní s ľuďmi vo všetkých okupovaných štátoch:
"So všetkou úctou žiadame mocnosti, ktoré počas tejto vojny okupujú cudzie územia, aby s populáciou v týchto krajinách zaobchádzali podľa hlasu svojho svedomia a svojho vlastného zmyslu pre česť. Buďte ľudskí, spravodliví a obozretní. Neklaďte na nich ťarchy, aké by ste vy v podobných situáciách pokladali za nespravodlivé. Sláva a hrdosť sebavedomých veliteľov pomáha k zhovievavosti; zaobchádzanie so zajatcami a populáciou okupovaných krajín je najistejším kritériom a najzreteľnejšou charakteristikou úrovne civilizácie medzi ľuďmi a národmi. Pamätajte, že Boh možno raz požehná alebo prekľaje vašu vlastnú otčinu podľa toho, ako ste sa správali k tým, ktorí sa stali obeťami vášho víťazstva."
Nemeckí a talianski zástupcovia za toto prehlásenie pápeža kritizovali, gestapo skonfiškovalo vytlačené kópie poznámok a Göbbels sa zaprisahal, že umlčí vatikánsky rozhlas, ktorý nacisti nazývali "pápežovým hlasom".
Britskí propagandisti využili toto pápežovo posolstvo na vojenské účely. Miesto toho, aby ho jednoducho zopakovali, vyjadrenia v ňom obsiahnuté "zosilnili" a znovu odvysielali z Londýna, pričom to urobili tak, že to vyzeralo ako prichádzajúce priamo z Vatikánu a v mene Vatikánu. Nie raz v priebehu vojny musel Vatikán upozorňovať poslucháčov, že vyjadrenia, ktoré sa mu pripisujú, z oboch strán barikády, nepochádzajú z vatikánskeho zdroja.
Poľskí biskupi hlásili, že vysielanie vatikánskeho rozhlasu spôsobuje, zvýšenú mieru prenasledovania zo strany nacistov. Dôsledkom bolo, že Pius prikázal, aby vysielanie rozhlasu bolo absolútne objektívne a súčasne bolo pozastavené vysielanie týkajúce sa Nemecka. Britská vláda, ktorá týmto stratila významný nástroj propagandy, u Svätej Stolice protestovala. Vatikán jej odpovedal v troch hlavných bodoch. Pápež ubezpečil britského veľvyslanca sira D´Arcy Osborna, že neexistuje žiadna dohoda medzi Vatikánom a Nemeckom, ktorá by sa týkala vysielania v budúcnosti. Vysvetlil tiež, že nemôže ignorovať prenasledovanie nevinných katolíkov, ktoré toto vysielanie podnecovalo. Okrem toho sa sťažoval na britské zneužívanie jeho vyhlásení na propagačné účely, na škodu katolíkov v Nemecku. Ešte v priebehu mesiaca však Rádio Vatikán obnovilo vysielanie proti nacistických správ.
V júni 1941 Hitler porušil dohodu o neutralite, ktorú pred dvomi rokmi podpísal so ZSSR a začal inváziu na jeho územie. Vjačeslav Molotov, jeden z iniciátorov dohody s Hitlerom a podpredseda sovietskej vlády v rozhlasovom prejave povedal: "Táto vojna nám bola nanútená nie nemeckým ľudom, nie nemeckými robotníkmi, roľníkmi a inteligenciou, ktorých utrpeniu dobre rozumieme, ale klikou krvižíznivých fašistických vládcov Nemecka, ktorí zotročili..." a následne menuje podmanené krajiny Európy. Podmanenie žiadnej z nich sovietom nevadilo, až kým neboli napadnutí oni sami.
Hitler, na druhej strane, chcel pre inváziu pápežské požehnanie. Tvrdil, že je to križiacka výprava proti bezbožnému Sovietskemu zväzu. Aj napriek tomu, že komunizmus bol otvoreným a známym nepriateľom Cirkvi, Pius XII. odmietol inváziu mocností Osi podporiť. Mussollini zúril.
S postupom nemeckých tankov hlbšie na územie ZSSR sa Stalin obrátil so žiadosťou o pomoc na Churchilla. V rozhlasovom prejave, iba týždeň po začiatku invázie, chválil britského premiéra a iných hrdinov Západu bez toho, aby zmienil typických sovietskych hrdinov. Znovu otvoril kostoly, teda tie, ktoré nestačil zničiť a do Veľkej vlasteneckej vojny povolal 15 miliónov mužov a žien. 12. júla bola podpísaná Dohoda o vzájomnej spolupráci medzi ZSSR a Veľkou Britániou.
Na nemeckú žiadosť, aby pápež odsúdil zločiny komunizmu odpovedal, že keby o tom mal niekedy hovoriť, odsúdil by nielen boľševizmus, ale aj udalosti v Nemecku. Taliansky vyslanec vo Vatikáne tiež žiadal, aby sa Vatikán postavil na stranu Talianska a antikomunistických národov, pápež to však odmietol.
USA boli oficiálne stále neutrálne, no systém lend-lease (pôžička a prenájom) v princípe umožnil dlhodobé predĺženie kreditu Veľkej Británii. Americkí katolíci mali obavy z poskytnutia podobnej pomoci komunistickému štátu. Prezident Roosevelt preto listom v septembri požiadal pápeža, aby mu pomohol zmeniť ich myslenie.
Apoštolský delegát vo Washingtone (nuncius tam vtedy ešte nebol) bol inštruovaný, aby s pomocou jedného alebo viacerých rešpektovaných amerických biskupov urobili verejné prehlásenie, v ktorom sa, okrem iného, uvádzalo: "Postoj Svätej Stolice s ohľadom na komunistickú doktrínu je a aj ostane taký, akým vždy bol. Svätá stolica však nemá absolútne nič proti ruskému ľudu. Teraz je to on, kto bol nespravodlivo napadnutý a kto značne trpí v dôsledku tejto nespravodlivej vojny. Keďže je to tak, katolíci by nemali mať žiadne námietky voči spolupráci s vládou USA na pomoci ruskému ľudu poskytujúc im takú pomoc, aká bude potrebná."
Pius súhlasil s požiadavkami spojencov, ktorí nechceli, aby pápež spomínal Stalinovo prenasledovanie Cirkvi a smrť miliónov ľudí ešte pred vojnou. Pius súhlasil, pravdepodobne preto, že ak by v kritike boľševikov pokračoval, vyzeralo by to akoby si otvorene vybral, na ktorej strane stojí. Myronovi S. Taylorovi, osobnému zástupcovi F.D. Roosevelta napísal:
"Na žiadosť prezidenta Roosevelta Vatikán prestal s akýmikoľvek zmienkami o komunistickom režime. Toto mlčanie, ktoré značne zaťažuje naše svedomie, je nesprávne chápané sovietskymi vodcami, ktorí pokračujú v prenasledovaní cirkví aj veriacich. Nech Boh dá, aby slobodný svet raz neľutoval moje mlčanie."
Vo svojom vianočnom príhovore pápež argumentoval za rešpektovanie menšín v štáte aj za rešpektovanie štátu menšinami. Obhajoval zachovávanie štyroch práv menšín, ktoré boli ohrozované národným socializmom: kultúry, jazyka, ekonomickej činnosti a práva vychovávať deti. Argumentoval tiež, že majetok so sebou prináša práva, ale aj povinnosti. Práva jednotlivcov majú byť limitované verejným dobrom a rovnaké princípy musia byť aplikované na medzinárodné vzťahy."
Ríšsky veľvyslanec v hlásení poznamenal, že tento príhovor bol zameraný priamo proti hitlerovskému Nemecku aj Stalinovmu ZSSR.
Editor New York Times v hlavnom článku na Vianoce 1941 uviedol, že pápež sa jednoznačne postavil proti Hitlerizmu:
"Hlas Pia XII. je osamelým hlasom v tichu a temnote, ktoré počas týchto Vianoc zahaľujú Európu... Je jedinou hlavou štátu na európskej pevnine, ktorý sa vôbec odváži pozdvihnúť svoj hlas..." Appendix C - The Christmas Editorials (NY Times)
Pokračovanie.
Zdroj informácií: Ronald J. Rychlak - Hitler, the War and the Pope.
Pierre Blet, S.J. - Pius XII. and the Second World War.