V roku 1942 bol zatknutý a prevezený do koncentračného tábora ako väzeň číslo 119 104. V drastických podmienkach Osvienčimu, Terezína, Dachau si stále viac uvedomoval, že jeho psychologická intuícia bola správna. Prežiť hrôzy koncentráku bolo možné len vtedy, ak sa človeku podarilo zamerať sa na niečo mimo seba, na nejaký cieľ alebo úlohu v budúcnosti. Na niekoho doma čakalo dieťa, ktoré miloval, na niekoho čakali knihy, ktoré bolo treba vydať a napísať. V ťažkých chvíľach si predstavoval sám seba, ako stojí vo vyhriatej prednáškovej miestnosti za rečníckym pultom a hovorí poslucháčom o psychológii koncentračného tábora. Inokedy tajne rekonštruoval svoju vedeckú prácu o logoterapii, o ktorú prišiel v Osvienčime. Pomáhalo mu tiež, keď sa v predstavách zhováral so svojou ženou. Jeho postrehy neskôr potvrdili aj vojenskí psychiatri. Všimli si, že najschopnejší prežitia boli vojnoví zajatci, ktorí sa orientovali na nejaký zmysel v budúcnosti. Po vojne, počas ktorej v koncentračných táboroch stratil rodičov, brata a ženu, sa vrátil do Viedne a stal sa prednostom neurologickopsychiatrickej kliniky. V roku 1946 vyšla prvýkrát jeho kniha Lekárska starostlivosť o dušu (Ärztl
